La final de la Copa Intertoto de la UEFA de 1999 la ganaron Montpellier , Juventus y West Ham United . Los tres equipos avanzaron a la Copa de la UEFA .
Ventspils ganó 2-1 en el global.
Sint-Truiden ganó 8-1 en el global.
Polonia Varsovia ganó 4-0 en el global.
4-4 en total. Pobeda ganó 4-3 en los penaltis.
2-2 en el global, Rudar Velenje ganó por regla de goles a domicilio.
MŠK Žilina ganó 4-0 en el global.
Ararat Ereván ganó 2-0 en el global.
Varteks ganó 4-3 en el global.
Vasas ganó 7-1 en el global.
Neuchâtel Xamax ganó 2-0 en el global.
Ceahlăul Piatra Neamţ ganó 2-0 en el global.
1-1 en el global, Gomel ganó 3-1 en los penaltis.
Newry Town ganó 2-1 en el global.
2-2 en el global, Qarabağ ganó por regla de goles a domicilio.
Cementarnica 55 ganó 8-2 en el global.
Basilea ganó 6-0 en el global.
Jedinstvo Bihać ganó por 3-1 en el global.
Floriana ganó 4-3 en el global.
ÍA ganó 6-3 en total.
Jokerit ganó 7-1 en total.
Perugia ganó 1-0 en el global.
Duisburg ganó 2-1 en el global.
Basilea ganó 4-2 en el global.
Rostselmash ganó 3-2 en el global.
3-3 en total; Varteks ganó 5-4 en los penaltis
Austria Lustenau ganó 4-2 en el global.
Lokeren ganó 6-2 en el global.
Metz ganó 4-2 en el global.
Polonia Varsovia ganó 4-1 en el global.
Hammarby ganó 6-2 en el global.
Kocaelispor ganó 3-1 en el global.
Kocaelispor ganó 9-0 en el global.
Sint-Truiden ganó 5-1 en el global.
Vasas ganó 3-0 en el global.
Jokerit ganó 3-0 en total.
Ceahlăul Piatra Neamţ ganó 5-2 en el global.
Montpellier ganó 4-1 en el global.
1-1 en el global, la Juventus ganó por la regla de los goles a domicilio.
El partido fue suspendido en el minuto 114 de la prórroga debido a que algunos objetos fueron arrojados al terreno de juego, algunos incluso alcanzaron al árbitro. La UEFA prohibió a Perugia y otorgó una victoria por 3-0 al Trabzonspor.
Trabzonspor ganó 4-2 en el global.
West Ham United ganó 2-1 en el global.
Heerenveen ganó 4-0 en el global.
2-2 en el global, Rennes ganó por la regla de los goles a domicilio.
3-3 en el global, el Hamburgo ganó por la regla de los goles a domicilio.
Austria Viena ganó 3-2 en el global.
2-2 en el global, Rostselmash ganó por la regla de los goles a domicilio.
Duisburg ganó 3-0 en el global.
2-2 en el global, Metz ganó por regla de goles a domicilio.
Polonia Varsovia ganó 4-1 en el global.
Montpellier ganó 3-1 en el global.
El Hamburger SV ganó 6-3 en el global.
La Juventus ganó 9-1 en el global.
Rennes ganó 4-2 en el global.
West Ham United ganó 2-0 en el global.
Metz ganó 6-2 en el global.
2-2 en total; Montpellier ganó 3-0 en los penaltis
West Ham United ganó 3-2 en el global.
La Juventus ganó 4-2 en el global.