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Cloroflexota

Las Chloroflexota son un filo de bacterias que contiene aislamientos con una diversidad de fenotipos, incluidos miembros que son termófilos aeróbicos , que usan oxígeno y crecen bien en altas temperaturas; fotótrofos anoxigénicos , que usan luz para la fotosíntesis ( bacterias verdes sin azufre ); y halorrespiradores anaeróbicos , que usan compuestos orgánicos halogenados (como los etenos clorados tóxicos y los bifenilos policlorados ) como aceptores de electrones.

Los miembros del filo Chloroflexota son monodermos (es decir, tienen una membrana celular sin membrana externa), pero se tiñen principalmente de bacterias gramnegativas. [2] Muchos filos de bacterias bien estudiados son didermos y se tiñen de bacterias gramnegativas , mientras que los monodermos bien conocidos que se tiñen de bacterias grampositivas incluyen Firmicutes (o Bacillota ) ( grampositivas con bajo G+C ), Actinomycetota (grampositivas con alto G+C) y Deinococcota (didermos grampositivos con peptidoglicano espeso).

Historia

El nombre del taxón fue creado en la edición de 2001 del Volumen 1 del Manual de Bacteriología Sistemática de Bergey y es el plural latino del nombre Chloroflexus , el nombre del género tipo del filo, una práctica común . [3]

En 1987, Carl Woese , considerado uno de los precursores de la revolución de la filogenia molecular, dividió Eubacteria en 11 divisiones basadas en secuencias de ARN ribosómico 16S (SSU) y agrupó los géneros Chloroflexus , Herpetosiphon y Thermomicrobium en las "bacterias verdes no azufradas y parientes", [4] [5] que fue temporalmente renombrado como "Chloroflexi" en el Volumen Uno del Manual de Bacteriología Sistemática de Bergey. [6]

Chloroflexota es un filo de ramificación profunda (ver Filos bacterianos ), por lo que en el Volumen Uno del Manual de Bacteriología Sistemática de Bergey se consideró que incluía una sola clase con el mismo nombre. [6] Sin embargo, desde 2001 se han creado nuevas clases gracias a especies recién descubiertas, y el filo Chloroflexi ahora está dividido en varias clases.

" Dehalococcoidetes " es un nombre provisional dado por Hugenholtz y Stackebrandt, 2004, [7] después de " Dehalococcoides ethenogenes ", una especie descrita parcialmente en 1997. [8] La primera especie descrita completamente fue Dehalogenimonas lykanthroporepellens , por Moe et al. 2009, [9] pero en la descripción de esa especie la clase no se hizo oficial ni se establecieron familias u órdenes ya que las dos especies comparten solo el 90% de identidad de ARN ribosómico 16S , lo que significa que podrían caer en diferentes familias o incluso órdenes. [9]

Un análisis filogenético reciente de Chloroflexota ha encontrado un apoyo muy débil para la agrupación de las diferentes clases que actualmente forman parte del filo. [10] Las seis clases que componen el filo no formaron consistentemente un clado bien respaldado en árboles filogenéticos basados ​​en secuencias concatenadas para grandes conjuntos de datos de proteínas, y no se identificaron indeles de firma conservados que fueran compartidos de forma única por todo el filo. [10] Sin embargo, se encontró que las clases Chloroflexi y Thermomicrobia se agrupaban de forma consistente tanto por los medios filogenéticos habituales como por la identificación de indeles de firma conservados compartidos en la proteína ribosomal 50S L19 y la enzima UDP-glucosa 4-epimerasa. [10] Se ha sugerido que el filo Chloroflexi sensu stricto debería comprender solo las clases Chloroflexi y Thermomicrobia, y las otras cuatro clases ("Dehalococcoidetes", Anaerolineae, Caldilineae y Ktedonobacteria) pueden representar uno o más filos independientes que se ramifican en la vecindad de Chloroflexi. [10]

Filogenia

La taxonomía actualmente aceptada se basa en la Lista de nombres procariotas con relevancia en la nomenclatura (LPSN) [11] y el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI). [12]

Taxonomía

Género " Candidatus Caldibacter" corrig. Spiek et al. 2020
Género " Candidatus Chlorotrichoides" corrig. Oren et al. 2020 [" Candidatus Chlorothrix" Klappenbach & Pierson 2004 no Dyar 1921 no Berger-Perrot 1982 [22] ]
Género " Candidatus Nitrocaldera" Spieck et al. 2020
Género " Candidatus Nitrotheca" Spieck et al. 2020
Género " Candidatus Poriflexus" Kogawa et al. 2022
Clase "Limnocylindria" Mehrshad et al. 2018

Clase Ktedonobacteria Cavaletti et al. Enmienda de 2007. Yabe et al. 2010

Clase "Umbricyclopia" Mehrshad et al. 2018

Clase "Bathosphaeria" Mehrshad et al. 2018

Clase Tepidiformia Kochetkova et al. 2020

Clase Dehalococcoidia Löffler et al. 2013

Clase "Thermofontia" corregida por Ward et al. 2018

Clase Ardenticatenia Kawaichi et al. 2013

Clase "Caldilineia" Oren, Parte y Garrity 2016 ex Cavalier-Smith 2020

Clase Termoflexia Dodsworth et al. 2014

Clase "Anaerolineia" Oren, Parte & Garrity 2016

Clase Termomicrobiología Oren, Parte y Garrity 2016

Clase "Spiritibacteria" Williams et al. 2024

Clase "Martimicrobia" Williams et al. 2024

Clase "Tarhunnaeia" Williams et al. 2024

Clase "Uliximicrobia" Williams et al. 2024

Clase Chloroflexia Gupta et al. 2013

Etimología

El nombre Chloroflexi es un caso nominativo masculino plural de Chloroflexus , que es el nombre del primer género descrito. El sustantivo es una combinación del adjetivo griego chloros, -a, on (χλωρός, -ά, -όν) , [27] que significa "amarillo verdoso", y el participio pasivo perfecto masculino latino flexus (de flecto ), [28] que significa "doblado". [6] La etimología no está relacionada con el cloro , un elemento que fue descubierto en 1810 por Sir Humphry Davy y llamado así por su color verde pálido. Otro filo con la misma raíz es Chlorobiota , mientras que " Cianobacteria " tiene la raíz cyanos ( κύανος ), que significa "azul verdoso". [29]

A diferencia de otros filos, no existe una raíz temática en el nombre de los géneros de Chloroflexota y, de hecho, muchos géneros que comienzan con " Chloro- " o terminan en "-chloris" son cianobacterias o chlorobi.

Véase también

Referencias

  1. ^ Oren A, Garrity GM (2021). "Publicación válida de los nombres de cuarenta y dos filos de procariotas". Int J Syst Evol Microbiol . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID  34694987. S2CID  239887308.
  2. ^ Sutcliffe, IC (2010). "Una perspectiva a nivel de filo sobre la arquitectura de la envoltura celular bacteriana". Tendencias en microbiología . 18 (10): 464–470. doi :10.1016/j.tim.2010.06.005. PMID  20637628.
  3. ^ Don J. Brenner; Noel R. Krieg; James T. Staley (26 de julio de 2005) [1984(Williams & Wilkins)]. George M. Garrity (ed.). Ensayos introductorios. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Vol. 2A (2.ª ed.). Nueva York: Springer. pág. 304. ISBN 978-0-387-24143-2. Biblioteca Británica n.º GBA561951.
  4. ^ Holland L. (22 de mayo de 1990). "Woese, Carl en la vanguardia de la revolución de la evolución bacteriana". Científico . 4 (10).
  5. ^ Woese, CR (1987). "Evolución bacteriana". Microbiological Reviews . 51 (2): 221–271. doi :10.1128/MMBR.51.2.221-271.1987. PMC 373105 . PMID  2439888. 
  6. ^ abc Don J. Brenner; Noel R. Krieg; James T. Staley (26 de julio de 2005) [1984(Williams & Wilkins)]. George M. Garrity (ed.). Ensayos introductorios. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Vol. 2A (2.ª ed.). Nueva York: Springer. pág. 304. ISBN 978-0-387-24143-2. Biblioteca Británica n.º GBA561951.
  7. ^ Hugenholtz, P.; Stackebrandt, E. (2004). "Reclasificación de Sphaerobacter thermophilus de la subclase Sphaerobacteridae en el filo Actinobacteria a la clase Thermomicrobia (descripción corregida) en el filo Chloroflexi (descripción corregida)". Revista internacional de microbiología sistemática y evolutiva . 54 (6): 2049–2051. doi : 10.1099/ijs.0.03028-0 . PMID  15545432.
  8. ^ Maymo-Gatell, X.; Chien, Y.; Gossett, JM; Zinder, SH (1997). "Aislamiento de una bacteria que declora de manera reductiva el tetracloroeteno a eteno". Science . 276 (5318): 1568–1571. doi :10.1126/science.276.5318.1568. PMID  9171062.
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