Centro Internacional de Coordinación de Neuroinformática

El Centro Internacional de Coordinación de Neuroinformática (INCF) es una organización internacional sin fines de lucro con la misión ^[3] de desarrollar, evaluar y respaldar estándares y mejores prácticas que adopten los principios de la neurociencia abierta, FAIR, ^[4] y Citable. INCF también brinda capacitación sobre cómo los estándares y las mejores prácticas facilitan la reproducibilidad y permiten la publicación de la totalidad de los resultados de la investigación, incluidos los datos y el código. INCF fue establecido en 2005 por recomendaciones del grupo de trabajo del Foro Científico Global de la OCDE . ^[5] El INCF está organizado por el Instituto Karolinska en Estocolmo , Suecia . ^[6] La red INCF comprende instituciones, organizaciones, empresas e individuos activos en neuroinformática, neurociencia, ciencia de datos, tecnología y políticas y publicaciones científicas. La Red está organizada en órganos rectores y grupos de trabajo que coordinan varias categorías de actividades neuroinformáticas globales que guían y supervisan el desarrollo y respaldo de estándares y mejores prácticas, además de brindar capacitación sobre cómo los estándares y mejores prácticas facilitan la reproducibilidad y permiten la publicación de la totalidad de los resultados de la investigación, incluidos los datos y el código. ^[7] Los directores actuales son Mathew Abrams y Helena Ledmyr, ^[8] y la presidenta de la junta directiva es Maryann Martone.

La red INCF tiene como objetivo ^[9] promover la aplicación de enfoques computacionales para comprender el cerebro y desarrollar la infraestructura necesaria para utilizar métodos computacionales para integrar y analizar datos diversos en escalas, técnicas y especies para comprender el cerebro e impactar positivamente en la salud. y el bienestar de la sociedad.

Fondo

Un elemento clave para comprender con éxito el sistema nervioso es la integración de la neurociencia con las ciencias de la información . El campo que estudia el sistema nervioso, la neurociencia, ha respondido al fantástico desafío de comprender cómo funciona nuestro cerebro con el uso de las tecnologías más sofisticadas, desde estudios sobre el genoma hasta estudios sobre imágenes cerebrales del comportamiento en humanos y otras especies, bajo diferentes estados funcionales y en todos los niveles analíticos intermedios. Este esfuerzo ha dado como resultado grandes cantidades de datos, que aumentan cada vez a niveles más altos de complejidad. Los datos producidos son heterogéneos y provienen de diferentes niveles de estudio y modalidades de análisis. Para estar a la altura de este desafío de integración y garantizar un uso eficiente y máximo de estos datos, ahora es necesario desarrollar y crear estos recursos compartidos:

1. bases de datos de conocimientos y datos de neurociencia;
2. herramientas analíticas y de modelización; y
3. modelos computacionales.

Este desafío se logra mediante la fusión de las neurociencias con las ciencias de la información: el campo de la neuroinformática.

Historia

Génesis

La recomendación de coordinar los esfuerzos internacionales en el nuevo campo de la neuroinformática se hizo por primera vez en el informe sobre bioinformática elaborado bajo los auspicios del entonces Foro de Megaciencia de la OCDE en 1998. ^[10] Luego de extensas discusiones en el Grupo de Trabajo de Neuroinformática del Foro Científico Global presidido Por el Dr. Stephen H. Koslow, en 2002 se presentó la propuesta para crear un Consejo Coordinador Internacional de Neuroinformática y un sistema de financiación de subvenciones para la investigación en neuroinformática. ^[11] Este proyecto fue respaldado por los ministros de ciencia de la OCDE en su reunión de enero de 2004. Dieciséis países (Australia, Canadá, China, República Checa, Dinamarca, Finlandia, Francia, Alemania, India, Italia, Japón, Países Bajos, Noruega, Suecia, Suiza, Reino Unido, Estados Unidos y Victoria, Australia), como así como la Comisión Europea, luego elaboraron los documentos de trabajo que forman la base legal para el INCF y el Programa en Neuroinformática Internacional (PIN). ^[12]

Establecimiento

Las condiciones establecidas para la creación del INCF ^[13] se cumplieron en julio de 2005: siete países (Alemania, Estados Unidos, Finlandia, Noruega, la República Checa y Suecia) firmaron el documento de acuerdo y prometieron su apoyo financiero. contribución. Se lanzó una candidatura para albergar la Secretaría del INCF. Se recibieron dos propuestas y, según las instrucciones de la Junta de Gobierno, el 3 de noviembre, la OCDE ^[14] convocó a un panel de expertos para revisar y clasificar las propuestas. El panel asignó la clasificación más alta a la propuesta sueca, y esta recomendación fue respaldada por la Junta Directiva del INCF cuando se reunió en la sede de la OCDE el 28 de noviembre. Luego de extensas discusiones internacionales, el INCF fue inaugurado oficialmente en febrero de 2007, con sede en Karolinska. Instituto de Estocolmo.

INCF promueve la colaboración en neuroinformática y reproducibilidad en la investigación del cerebro mediante

• proporcionar coordinación de la infraestructura global de neurociencia a través del desarrollo y respaldo de estándares y mejores prácticas en apoyo de la neurociencia abierta y FAIR (Findable Accessible Interoperable Reutilizable) ( datos FAIR ) ^[15]
• capacitar a investigadores, administradores y estudiantes sobre cómo la neuroinformática promueve el rigor y la reproducibilidad, una ciencia abierta y JUSTA y publicar la totalidad de sus resultados de investigación: narrativa, datos y código ^[16]
• Fomentar la neurociencia como disciplina para avanzar hacia FORCE (ecosistema JUSTO, abierto, basado en objetos de investigación y citable).
• Promover el avance y el desarrollo continuo de la neuroinformática como disciplina científica.

Entregables clave del programa

incluir

• Waxholm Space (WHS), ^[17] un espacio de referencia basado en coordenadas del cerebro de roedores
• Scalable Brain Atlas, ^[18] un motor de visualización basado en web para atlas cerebrales, datos de imágenes y topologías.
• NineML, ^[19] un lenguaje de descripción de modelos generales
• El Coordinador de simulación múltiple (MUSIC), ^[20] que permite que simuladores de neuronas a gran escala y otras aplicaciones se comuniquen durante el tiempo de ejecución.
• El modelo de datos informáticos de neuroimagen (NI-DM), ^[21] un marco para la generación, almacenamiento y consulta de metadatos, incluida información de procedencia.
• KnowledgeSpace, ^[22] una enciclopedia comunitaria que vincula conceptos de investigación del cerebro con datos, modelos y literatura de todo el mundo.
• TrainingSpace, ^[23] un repositorio en línea que vincula recursos de capacitación en neuroinformática desarrollados por INCF, nuestros socios y recursos comunitarios existentes.

Ver también

• Estructura de datos de imágenes cerebrales (BIDS)
• Proyecto Cerebro Azul
• Conectoma de referencia de Budapest
• Proyecto Conectoma Humano
• Lista de bases de datos de neurociencia
• Marco de información de neurociencia

Referencias

1. "Historia". KI.se . Consultado el 9 de octubre de 2019 .
2. "Contacto". INCF . Consultado el 9 de octubre de 2019 .
3. "Misión | INCF". www.incf.org . Consultado el 9 de octubre de 2019 .
4. Hagstrom, Stephanie (3 de septiembre de 2014). "Los principios de datos FAIR". FUERZA11 . Consultado el 4 de diciembre de 2017 .
5. "Acerca de". Consorcio de revisión por pares de neurociencia . Consultado el 19 de septiembre de 2017 .
6. "Ubicación | INCF". www.incf.org . Consultado el 9 de octubre de 2019 .
7. "Red INCF | INCF". www.incf.org . Consultado el 9 de octubre de 2019 .
8. "Personal clave | INCF". www.incf.org . Consultado el 8 de octubre de 2019 .
9. "Qué hacemos | INCF". www.incf.org . Consultado el 4 de diciembre de 2017 .
10. Grupo de trabajo del Foro Megaciencia sobre Informática Biológica (enero de 1999). Informe Final (Informe). Organización para la cooperación económica y el desarrollo. Págs. 3–4, 49–50, 70–72 . Consultado el 19 de septiembre de 2017 a través de INCF ownCloud.
11. Grupo de trabajo sobre neuroinformática del Foro Científico Global (junio de 2002). Informe sobre Neuroinformática (Informe). Organización para la cooperación económica y el desarrollo. págs.5, 11-15, 46 . Consultado el 19 de septiembre de 2017 a través de ICNF ownCloud.
12. "Lugar del proyecto | INCF". www.OCDE.org . Consultado el 9 de octubre de 2019 .
13. "Inf | INCF". www.incf.org . Consultado el 4 de diciembre de 2017 .
14. "OECD.org - OCDE". www.ocde.org . Consultado el 4 de diciembre de 2017 .
15. Wilkinson M, Dumontier M, Aalbersberg I y col. (Marzo de 2016). "Los principios rectores de FAIR para la gestión y gestión de datos científicos". Datos científicos . 3 (160018): 160018. Código bibliográfico : 2016NatSD...360018W. doi :10.1038/sdata.2016.18. PMC 4792175 . PMID  26978244. 
16. Breeze JL, Poline JB, Kennedy DN (julio de 2012). "Intercambio y publicación de datos en el campo de la neuroimagen". GigaCiencia . 1 (9): 9. doi : 10.1186/2047-217x-1-9 . PMC 3626511 . PMID  23587272. 
17. Johnson GA, Badea A, Brandenburg J, Cofer G, Fubara B, Liu S, Nissanov J (noviembre de 2010). "Waxholm Space: una referencia basada en imágenes para coordinar la investigación del cerebro del ratón". NeuroImagen . 53 (2): 365–372. doi : 10.1016/j.neuroimage.2010.06.067. PMC 2930145 . PMID  20600960. 
18. "Atlas cerebral escalable: neuroanatomía a su alcance". scalablebrainatlas.incf.org . Consultado el 4 de diciembre de 2017 .
19. "NueveML" . Consultado el 4 de diciembre de 2017 .
20. MÚSICA, Coordinador de MUltiSimulación, Centro Internacional de Coordinación de Neuroinformática (INCF), 2017-11-14 , consultado el 4 de diciembre de 2017
21. "- Modelo de datos de neuroimagen" . Consultado el 4 de diciembre de 2017 .
22. "KnowledgeSpace - Inicio". conocimiento-espacio.org . Consultado el 4 de diciembre de 2017 .
23. "TrainingSpace - Inicio". formación.incf.org . Consultado el 24 de abril de 2018 .

enlaces externos

• Página web oficial
• Congreso de Neuroinformática – 2019 (Varsovia, Polonia); 2018 (Montreal, Canadá); 2017; 2016; 2015; 2014; 2013; 2012; 2011; 2010; 2009; 2008
• Consorcio de revisión por pares de neurociencia
• Van Essen, David (primavera de 2007). "Un mensaje del presidente de SfN, David Van Essen". Neurociencia trimestral . Archivado desde el original el 13 de julio de 2007.