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Estructura de datos de imágenes cerebrales

La estructura de datos de imágenes cerebrales ( BIDS ) es un estándar para organizar, anotar y describir datos recopilados durante experimentos de neuroimagen . Se basa en una estructura formalizada de archivos y directorios y archivos de metadatos (basados ​​en JSON y TSV ) con vocabulario controlado . [1] Este estándar ha sido adoptado por una multitud de laboratorios de todo el mundo, así como por bases de datos como OpenNeuro , SchizConnect, Developing Human Connectome Project y FCP-INDI, y está siendo adoptado en un número cada vez mayor de estudios. [2] [3] [4]

Aunque originalmente se especificó para datos de resonancia magnética , BIDS se ha extendido a varias otras modalidades de imágenes como MEG , [5] EEG , [6] y EEG intracraneal [7] (consulte también las propuestas de extensión de BIDS).

Historia

El proyecto es un esfuerzo impulsado por la comunidad. BIDS, originalmente OBIDS (Open Brain Imaging Data Structure), se inició durante una reunión del grupo de trabajo de intercambio de datos patrocinada por INCF (enero de 2015) en la Universidad de Stanford . Posteriormente fue encabezado y mantenido por Chris Gorgolewski. Desde octubre de 2019, el proyecto está dirigido por un Grupo Directivo [8] y mantenido por un equipo separado de mantenedores, el Grupo de Mantenedores, según un documento de gobernanza aprobado por la comunidad BIDS en una votación. BIDS ha avanzado bajo la dirección y el esfuerzo de los contribuyentes, la comunidad de investigadores que aprecian el valor de estandarizar los datos de neuroimagen para facilitar el intercambio y el análisis.

Propuestas de extensión de ofertas

BIDS se puede ampliar de forma compatible con versiones anteriores y evoluciona con el tiempo. Esto se logra a través de las Propuestas de Extensión de BIDS (BEP), que son procesos impulsados ​​por la comunidad que siguen pautas acordadas. Puede encontrar una lista completa de los BEP finalizados y los BEP en curso en el sitio web de BIDS.

Referencias

  1. ^ Gorgolewski, Krzysztof J.; Auer, Tibor; Calhoun, Vince D.; Craddock, R. Cameron; Das, Samir; Duff, Eugene P.; Flandin, Guillaume; Ghosh, Satrajit S.; Glatard, Tristán; Halchenko, Yaroslav O.; Handwerker, Daniel A.; Hanke, Michael; Keator, David; Li, Xiangrui; Michael, Zacarías; Maumet, Camille; Nichols, B. Nolan; Nichols, Thomas E.; Pellman, Juan; Poline, Jean-Baptiste; Rokem, Ariel; Schäfer, Gunnar; Sochat, Vanessa; Triplet, William; Turner, Jessica A.; Varoquaux, Gaël; Poldrack, Russell A.; et al. (2016). "La estructura de datos de imágenes cerebrales, un formato para organizar y describir los resultados de experimentos de neuroimagen". Datos científicos . 3 : 160044. Código Bib : 2016NatSD...360044G. doi :10.1038/sdata.2016.44. PMC  4978148 . PMID  27326542.
  2. ^ Poldrack, Russell A.; Congdon, Eliza; Triplet, William; Gorgolewski, Krzysztof J.; Karlsgodt, Katherine H.; Mumford, Jeanette A.; Sabb, Fred W.; Freimer, Nelson B.; Londres, Edythe D.; Cañón, Tyrone D.; Imágenes, Robert M. (2016). "Un examen de todo el fenómeno de la función neuronal y cognitiva". Datos científicos . 3 : 160110. Código Bib : 2016NatSD...360110P. doi :10.1038/sdata.2016.110. PMC 5139672 . PMID  27922632. S2CID  33368149. 
  3. ^ Bigdely-Shamlo, Nima; Makeig, Scott; Robbins, Kay A. (2016). "Preparación de datos de EEG de laboratorio y del mundo real para análisis a gran escala: un enfoque en contenedores". Fronteras en Neuroinformática . 7 : 10. doi : 10.3389/fninf.2016.00007 . PMC 4782059 . PMID  27014048. 
  4. ^ Nichols, Thomas E.; Das, Samir; Eickhoff, Simon B; Evans, Alan C.; Glatard, Tristán; Hanke, Michael; Kriegeskorte, Nikolaus; Milham, Michael P.; Poldrack, Russell A.; Poline, Jean-Baptiste; Proal, Erika; Thirion, Bertrand; Van Essen, David C; Blanco, Tonya; Yeo, BT Thomas (2017). "Mejores prácticas en análisis e intercambio de datos en neuroimagen mediante resonancia magnética". Neurociencia de la Naturaleza . 20 (3): 299–303. doi :10.1038/nn.4500. PMC 5685169 . PMID  28230846. 
  5. ^ Niso, Guiomar; Gorgolewski, Krzysztof J.; Bock, Elizabeth; Brooks, Teón L.; Flandin, Guillaume; Grafort, Alexandre; Henson, Richard N.; Jas, Mainak; Litvak, Vladimir; T. Moreau, Jeremy; Oostenveld, Robert; Schoffelen, Jan-Mathijs; Tadel, Francois; Wexler, José; Baillet, Sylvain (19 de junio de 2018). "MEG-BIDS, la estructura de datos de imágenes cerebrales extendida a la magnetoencefalografía". Datos científicos . 5 : 180110. Código Bib : 2018NatSD...580110N. doi :10.1038/sdata.2018.110. PMC 6007085 . PMID  29917016. 
  6. ^ Pernet, Cyril R.; Appelhoff, Stefan; Gorgolewski, Krzysztof J.; Flandin, Guillaume; Phillips, Christophe; Delorme, Arnaud; Oostenveld, Robert (diciembre de 2019). "EEG-BIDS, una extensión de la estructura de datos de imágenes cerebrales para electroencefalografía". Datos científicos . 6 (1): 103. Código bibliográfico : 2019NatSD...6..103P. doi :10.1038/s41597-019-0104-8. ISSN  2052-4463. PMC 6592877 . PMID  31239435. 
  7. ^ Holdgraf, Christopher; Appelhoff, Stefan; Bickel, Stephan; Bouchard, Kristofer; D'Ambrosio, Sasha; David, Olivier; Devinsky, Orrin; Dichter, Benjamín; Flinker, Adeen; Foster, Brett L.; Gorgolewski, Krzysztof J.; Verde, Iris; Groppe, David; Gunduz, Aysegul; Hamilton, Libertad; Cariño, Christopher J.; Jas, Mainak; Caballero, Robert; Lachaux, Jean-Philippe; Lau, Jonathan C.; Lee-Messer, Christopher; Lundstrom, Brian N.; Miller, Kai J.; Ojemann, Jeffrey G.; Oostenveld, Robert; Petridou, Natalia; Piantoni, Gio; Pigorini, Andrea; Pouratian, Nader; Ramsey, Nick F.; Stolk, Arjen; Swann, Nicole C.; Tadel, François; Voytek, Bradley; Wandell, Brian A.; Winawer, Jonathan; Whitaker, Kirstie; Zehl, Lyuba; Hermes, Dora (diciembre de 2019). "iEEG-BIDS, ampliando la especificación de la estructura de datos de imágenes cerebrales a la electrofisiología intracraneal humana". Datos científicos . 6 (1): 102. Código bibliográfico : 2019NatSD...6..102H. doi : 10.1038/s41597-019-0105-7 . ISSN  2052-4463. PMC 6592874 . PMID  31239438. 
  8. ^ "Conozca al grupo directivo de BIDS". 31 de diciembre de 2019.

enlaces externos


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