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CCDC186

CCDC186 es una proteína que en los humanos está codificada por el gen CCDC186 [5]. El gen CCDC186 también se conoce como el antígeno asociado al tumor CTCL con número de acceso NM_018017. [6]

Gene

Ubicación

CCDC186 tiene la ubicación cromosómica de 10q25.3 y tiene un tamaño de 53.750 bases orientadas en la cadena negativa. La predicción de la proteína k -NN de PSORTII indicó que C10orf118 es 65,2% del tiempo nuclear , 17,4% citosólico , 8,7% mitocondrial , 4,3% vesículas del sistema secretor y 4,3% retículo endoplasmático . [7]

Expresión

El análisis de la expresión génica en humanos y otras especies indica que C10orf118 se expresa de forma ubicua en todos los tipos de tejidos en distintas etapas de desarrollo. Un perfil EST del NCBI mostró la mayor expresión en la médula ósea , los riñones y las líneas celulares de próstata . El desglose por estado de salud indica una alta expresión de C10orf118 en el carcinoma de vejiga y el cáncer de próstata. [8]

Proteína

Propiedades generales

La proteína CCDC186 (NP_060487) tiene una longitud de 898 aminoácidos . El peso molecular previsto es de 103,7 kdal y el punto isoeléctrico se prevé que sea de 5,92. [9]

Composición

Se observa una región rica en serina en los aminoácidos 710-747. Un análisis de composición reveló que C10orf118 es pobre en prolina (1,1 %) y rico en ácido glutámico (14,1 %) y lisina (12,0 %). [9]

Interacciones

Se descubrió que la proteína CCDC186 interactuaba con las proteínas PLEKAH5 , Ezra, GAMMAHV.ORF23 y SMAD3 . [10] [11]

Homología

No se encontraron secuencias ortólogas de CCDC186 en bacterias , arqueas , protistas o plantas . CCDC186 no tiene parálogos humanos . La fecha de divergencia de las secuencias ortólogas se correlaciona altamente con la similitud de las secuencias en que el porcentaje de identidad disminuye a medida que retrocedemos en el tiempo. Los ortólogos estrechamente relacionados incluyen mamíferos y aves y los ortólogos moderadamente relacionados incluyen otros vertebrados como peces , reptiles y anfibios . Las secuencias ortólogas distantemente relacionadas se observan principalmente en invertebrados . [9] [12]

Motivos

Modificación postraduccional

Se predice que CCDC186 experimentará múltiples modificaciones postraduccionales , incluida la unión prevista de O-beta-GlcNAc, fosforilación , una señal de exportación nuclear , glicación de lisinas, O-glicosilación de GlcNAc , N-glicosilación y sitios NetCorona. [14]

Importancia clínica

Investigaciones anteriores indican que el marco de lectura abierto de C10orf118 está vinculado al linfoma cutáneo de células T por un antígeno tumoral L14-2. [15] La proteína CCDC186 también se encuentra en niveles más altos de lo normal en la línea celular de cáncer de mama BC 8701. [16]

Referencias

  1. ^ abc GRCh38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSG00000165813 – Ensembl , mayo de 2017
  2. ^ abc GRCm38: Lanzamiento de Ensembl 89: ENSMUSG00000035173 – Ensembl , mayo de 2017
  3. ^ "Referencia de PubMed humana:". Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU .
  4. ^ "Referencia PubMed de ratón:". Centro Nacional de Información Biotecnológica, Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU . .
  5. ^ Oduru S, Campbell JL, Karri S, Hendry WJ, Khan SA, Williams SC (junio de 2003). "Descubrimiento de genes en el hámster: un enfoque de genómica comparativa para la anotación de genes mediante la secuenciación de ADNc de testículos de hámster". BMC Genomics . 4 (1): 22. doi : 10.1186/1471-2164-4-22 . PMC 161800 . PMID  12783626. 
  6. ^ "Gen Entrez: C10orf118 cromosoma 10 marco de lectura abierto 118".
  7. ^ "Predicción PSORT II". psort.hgc.jp . Consultado el 24 de abril de 2016 .
  8. ^ "Inicio - UniGene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov . Consultado el 24 de abril de 2016 .
  9. ^ abc "SDSC Biology Workbench". seqtool.sdsc.edu . Archivado desde el original el 2003-08-11 . Consultado el 2016-04-24 .
  10. ^ "* en citas bibliográficas". www.uniprot.org . Consultado el 24 de abril de 2016 .
  11. ^ "CCDC186 - Proteína que contiene el dominio de bobina enrollada 186 - Homo sapiens (humano) - Gen y proteína CCDC186".
  12. ^ "BLAST: herramienta básica de búsqueda de alineaciones locales". blast.ncbi.nlm.nih.gov . Consultado el 24 de abril de 2016 .
  13. ^ "Motif Scan". myhits.isb-sib.ch . Consultado el 8 de mayo de 2016 .
  14. ^ "Bienvenido a CBS". www.cbs.dtu.dk . Consultado el 24 de abril de 2016 .
  15. ^ de la Peña M, García-Robles I (septiembre de 2010). "Las ribozimas intrónicas de cabeza de martillo están ultraconservadas en el genoma humano". EMBO Reports . 11 (9): 711–6. doi :10.1038/embor.2010.100. PMC 2933863 . PMID  20651741. 
  16. ^ D'Angelo, ML (2013). "Identificación de la "proteína no caracterizada C10orf118" en células de cáncer de mama y su papel en el metabolismo del ácido hialurónico". Patobiología de la matriz, señalización y dianas moleculares .

Enlaces externos

Lectura adicional