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Proteína no caracterizada C15orf32

La proteína no caracterizada C15orf32 es una proteína que en los humanos está codificada por el gen C15orf32 y se encuentra en el cromosoma 15, ubicación 15q26.1. [3] Las variantes de C15orf32 se han relacionado con el trastorno bipolar , [4] [5] el trastorno por consumo de alcohol , [6] y la leucemia mieloide aguda . [7]

Ubicación de C15orf32 en el cromosoma 15 [3]

Gene

C15orf32, que significa marco de lectura abierto 32 del cromosoma 15, es un gen en la cadena positiva del cromosoma 15, en la banda citogenética 15q26.1. C15orf32 tiene una longitud de 29.464 bases; en Genome Reference Consortium Human Build 38, abarca las bases 92.471.654-92.501.117. Contiene 3 exones . [3]

Transcripciones

Existen dos isoformas de C15orf32. La transcripción más larga, conocida como variante de transcripción 2 en NCBI, tiene una longitud de 1764 bases. [8] La otra es la transcripción 1 y tiene una longitud de 1726 bases. [9]

Predicción de la estructura secundaria de C15orf32 por Chou-Fasman [10]

Proteínas

La variante de transcripción 2 del gen C15orf32 codifica una proteína de 178 aminoácidos y tiene una masa molecular de 20 262 Da. Su punto isoeléctrico basal es 9,34. [11] A la variante de transcripción 1 le faltan los aminoácidos 166-178. [3] Hay un espaciamiento significativamente grande entre los residuos de ácido glutámico en las posiciones 12 y 23. [12]

Estructura

Estructura terciaria predicha por I-TASSER para C15orf32 con la máxima confianza [13]

Phobius [14] predice un segmento transmembrana entre los aminoácidos 51 y 71 y SAPS los aminoácidos 57 y 71. [12] Se predice que el extremo N está fuera del citoplasma y el extremo C dentro del citoplasma. [14] El algoritmo de Chou-Fasman predice una lámina beta en esta región, así como gran parte de la región entre los aminoácidos 114 y 147. [10] Se utilizó I-TASSER para predecir la estructura terciaria . [13] El modelo superior predijo ocho hélices alfa , incluida una entre los aminoácidos 51 y 71 concurrente con el segmento transmembrana predicho anteriormente, aunque esta estructura tenía baja confianza.

Regulación

Nivel genético

Se predice que la región promotora de C15orf32 abarcará los pares de bases 92,470,677-92,471,777 según la herramienta Gene2Promoter de Genomatix. [15] Las familias de factores de transcripción predichas con mayor frecuencia por la herramienta MatInspector de Genomatix dentro de esta región promotora fueron SOX , la subfamilia 2 del receptor nuclear y el receptor X de retinoides . [15] Los sitios de unión de factores de transcripción que se han determinado experimentalmente incluyen STAT1 , MAFK y JUND y se encuentran dentro del segundo intrón. [16] C15orf32 se expresa principalmente en testículos, cerebro, corazón y al principio del desarrollo de los fetos, aunque la expresión es muy baja. [17] La ​​exposición a algunos compuestos como la bromelina , el bortezomib , el estrógeno y el 4-hidroxitamoxifeno provocan un aumento en la expresión de C15orf32 en células de cáncer de mama. [18] [19] [20]

Posibles estructuras secundarias del ARNm C15orf32 5' y 3' UTR, predichas por mfold [21]

Nivel de transcripción

Las posibles estructuras secundarias de la región no traducida 5' y 3' en el ARNm C15orf32 se muestran a la izquierda y fueron predichas por mfold. [21] Es principalmente lineal, con una cantidad de pequeños bucles de tallo . Según TargetScan, los sitios a los que se dirigen las familias de miRNA miR-193a-5p y miR-365-3p dentro del UTR 3' están ampliamente conservados entre los vertebrados. [22]

Nivel de proteína

La tinción inmunohistoquímica muestra que C15orf32 se localiza dentro de las células en el citoplasma y las membranas, incluido el núcleo. [23] Tanto PSORTII como DeepLoc predicen fuertemente la localización en el núcleo. [24] [25] Se ha demostrado que Thr41 se fosforila después de la traducción . [11] Se predijeron otros 26 sitios de fosforilación potenciales utilizando NetPhos, siendo los sitios de fosforilación más probables 6S por PKC, 32T por PKG, 83T por PKC, 89S por PKC y 162S por PKA. [26] Se predice un sitio de sumoilación en los aminoácidos 107-110. [27] Se predijeron 11 O-glicosilaciones de GalNAc de tipo mucina utilizando NetOGlyc, 9 de las cuales ocurrieron en los primeros 50 pares de bases. [28]

Interacciones

La evidencia experimental muestra una interacción potencial entre C15orf32 y PKD2 , ALG9 , DISP1 , NPC1 , FZD2 , FAM69A, ATP6V1G2 , ASIC1 , DPY19L4, SPPL2B y HGSNAT . [29]

Importancia clínica

Las variantes de C15orf32 se han vinculado a varios rasgos a través de estudios de asociación de todo el genoma. El SNP rs8040009 en el UTR 3' tuvo una fuerte asociación con el trastorno bipolar I en una población de chinos Han. [4] Tres SNP dentro de C15orf32, incluido rs1455773 en el exón 1 que causa una mutación sin sentido de alanina a treonina en la posición 17, [30] también se asociaron con el trastorno bipolar en una cohorte australiana. [5] Este SNP también se relacionó con el trastorno por consumo de alcohol y el consumo excesivo de alcohol. [6] El SNP rs1455774, ubicado en el UTR 5', se encuentra dentro de los sitios diana de miRNA has-miR-539 y has-let-7i* que afecta la expresión de estos miRNA, lo que puede aumentar la susceptibilidad al cáncer de mama . [31] El SNP rs11635085 se relacionó con mayores niveles de anticuerpos IgG después de la exposición a caseína , un antígeno dietético , en mexicano-estadounidenses. [32] El SNP rs1455782 se relacionó con una disminución de la capacidad vital forzada, que es una medida de la función pulmonar . [33] El SNP rs12148722 se asoció levemente con disfunción velofaríngea . [34] Un bloqueo de haplotipo dentro de C15orf32 se asoció con leucemia mieloide aguda . [7] Se encontró una deleción en 15q26.1 que incluye los genes ST8SIA2 , C15orf32 y FAM174B en un paciente con epilepsia y trastorno del espectro autista . [35]

Homología

Se han descrito homólogos de C15orf32 en otros 39 mamíferos. [36] No existen ortólogos conocidos fuera de los mamíferos.

Referencias

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