Bloque de haplotipos

Región genómica que contiene sólo unos pocos haplotipos distintos

En genética , un bloque de haplotipos es una región del genoma de un organismo en la que hay poca evidencia de un historial de recombinación genética y que contiene solo una pequeña cantidad de haplotipos distintos . ^[1] Según el modelo de bloques de haplotipos, dichos bloques deberían mostrar altos niveles de desequilibrio de ligamiento y estar separados entre sí por numerosos eventos de recombinación. ^[2] Los límites de los bloques de haplotipos no se pueden observar directamente; en cambio, deben inferirse indirectamente mediante el uso de algoritmos . Sin embargo, alguna evidencia sugiere que diferentes algoritmos para identificar bloques de haplotipos dan resultados muy diferentes cuando se usan en los mismos datos, ^[3] aunque otro estudio sugiere que sus resultados son generalmente consistentes. ^[4] Los Institutos Nacionales de Salud financiaron el proyecto HapMap para catalogar bloques de haplotipos en todo el genoma humano . ^[5]

Definición

Hay dos formas principales de definir el término "bloque de haplotipos": una basada en si una secuencia genómica dada muestra un desequilibrio de ligamiento mayor que un umbral predeterminado, y otra basada en si la secuencia consiste en un número mínimo de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) que explican la mayoría de los haplotipos comunes en la secuencia (o un número menor de lo habitual de haplotipos únicos). ^[6] En 2001, Patil et al. ^[7] propusieron la siguiente definición del término: "Supongamos que tenemos una cantidad de haplotipos que consisten en un conjunto de SNP consecutivos. Un segmento de SNP consecutivos es un bloque si al menos el α por ciento de los haplotipos están representados más de una vez". ^[8]

Referencias

1. Gabriel, SB ; Daly, Mark J. ; Lander, Eric S. ; Ward, Ryk; Cooper, Richard; Adeyemo, Adebowale; Rotimi, Charles; Liu-Cordero, Shau Neen; Faggart, Maura (2002-06-21). "La estructura de los bloques de haplotipos en el genoma humano". Science . 296 (5576): 2225–2229. Bibcode :2002Sci...296.2225G. doi : 10.1126/science.1069424 . ISSN  0036-8075. PMID  12029063. S2CID  10069634.
2. Wall, Jeffrey D.; Pritchard, Jonathan K. (1 de agosto de 2003). "Bloqueos de haplotipos y desequilibrio de ligamiento en el genoma humano". Nature Reviews Genetics . 4 (8): 587–597. doi :10.1038/nrg1123. PMID  12897771. S2CID  15478115.
3. Schulze, Thomas G.; Zhang, Kui; Chen, Yu-Sheng; Akula, Nirmala; Sun, Fengzhu; McMahon, Francis J. (1 de febrero de 2004). "Definición de bloques de haplotipos y polimorfismos de un solo nucleótido en el genoma humano". Genética molecular humana . 13 (3): 335–342. doi : 10.1093/hmg/ddh035 . PMID  14681300.
4. Indap, Amit R; Marth, Gabor T; Struble, Craig A; Tonellato, Peter; Olivier, Michael (2005). "Análisis de concordancia de diferentes algoritmos de partición de bloques de haplotipos". BMC Bioinformatics . 6 (1): 303. doi : 10.1186/1471-2105-6-303 . PMC 1343594 . PMID  16356172. 
5. Cardon, Lon R.; Abecasis, Gonçalo R. (marzo de 2003). "Uso de bloques de haplotipos para mapear loci de rasgos complejos humanos". Tendencias en genética . 19 (3): 135–140. CiteSeerX 10.1.1.398.8937 . doi :10.1016/S0168-9525(03)00022-2. PMID  12615007. 
6. Wang, Ning; Akey, Joshua M.; Zhang, Kun; Chakraborty, Ranajit; Jin, Li (noviembre de 2002). "Distribución de los cruces de recombinación y el origen de los bloques de haplotipos: la interacción de la historia de la población, la recombinación y la mutación". The American Journal of Human Genetics . 71 (5): 1227–1234. doi :10.1086/344398. PMC 385104 . PMID  12384857. 
7. Patil, N; Berno, AJ; Hinds, DA; Barrett, WA; Doshi, JM; Hacker, CR; Kautzer, CR; Lee, DH; Marjoribanks, C; McDonough, DP; Nguyen, BT; Norris, MC; Sheehan, JB; Shen, N; Stern, D; Stokowski, RP; Thomas, DJ; Trulson, MO; Vyas, KR; Frazer, KA; Fodor, SP; Cox, DR (23 de noviembre de 2001). "Bloques de diversidad haplotípica limitada revelados por escaneo de alta resolución del cromosoma humano 21". Science . 294 (5547): 1719–23. Bibcode :2001Sci...294.1719P. doi :10.1126/science.1065573. Número de modelo:  PMID11721056 . Número de modelo: S2CID14168219  .
8. Zhang, Kui; Calabrese, Peter; Nordborg, Magnus; Sun, Fengzhu (diciembre de 2002). "Estructura de bloques de haplotipos y sus aplicaciones a los estudios de asociación: potencia y diseños de estudios". The American Journal of Human Genetics . 71 (6): 1386–1394. doi :10.1086/344780. PMC 378580 . PMID  12439824.