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Søren Brunak

Søren Brunak (nacido en 1958) es un científico físico y biológico danés que trabaja en bioinformática , biología de sistemas e informática médica . [4] Es profesor de Biología de Sistemas de Enfermedades en la Universidad de Copenhague y profesor de bioinformática en la Universidad Técnica de Dinamarca. Como Director de Investigación en el Centro de Investigación de Proteínas de la Fundación Novo Nordisk en la Facultad de Medicina de la Universidad de Copenhague, lidera un esfuerzo de investigación donde los datos de biología de sistemas a nivel molecular se combinan con datos fenotípicos del sector de la salud, como registros electrónicos de pacientes, información de registro y cuestionarios de biobancos. Un objetivo principal es comprender la base de la biología de redes para las comorbilidades ordenadas en el tiempo y discriminar entre las correlaciones de enfermedades relacionadas con el tratamiento y otras comorbilidades en las trayectorias de la enfermedad. Søren Brunak también ocupa un puesto como Oficial de Informática Médica en Rigshospitalet, la Región Capital de Dinamarca. [ cita requerida ]

Educación

Søren Brunak obtuvo su Maestría en Ciencias en Física en 1987 del Instituto Niels Bohr de la Universidad de Copenhague [6] y su Doctorado en Biología Computacional en 1991 en el Departamento de Propiedades Estructurales de Materiales de la Universidad Técnica de Dinamarca , [ cita requerida ] y en 2002 un Dr.Phil. ( Honoris causa ) de la Facultad de Ciencias Naturales de la Universidad de Estocolmo . [ cita requerida ]

Carrera

Søren Brunak fue en 1993 el director fundador del Centro de Análisis de Secuencias Biológicas de la Universidad Técnica de Dinamarca . [7] [8] [9] Un importante y temprano centro en bioinformática que existe desde hace más de 20 años. En 2007, Søren Brunak fue, junto con Matthias Mann , director de investigación fundador del Centro de Investigación de Proteínas de la Fundación Novo Nordisk en la Facultad de Ciencias Médicas y de la Salud de la Universidad de Copenhague, un centro líder para el estudio de proteínas humanas de valor terapéutico.

Ha participado en comités asesores científicos de varias organizaciones científicas, como el Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL, Heidelberg), Ensembl en el Instituto Europeo de Bioinformática y el Wellcome Trust Sanger Institute (presidente), [ cita requerida ] el Comité Asesor de Bioinformática en el Instituto Europeo de Bioinformática (presidente), el Instituto Pasteur , el Instituto Max Planck de Genética Molecular (Berlín), el Laboratorio Science for Life (Estocolmo) y el Instituto Suizo de Bioinformática.

Investigación

La investigación principal de Brunak se centra en la bioinformática , la biología de sistemas y la informática médica . En particular, la predicción basada en el aprendizaje automático y el área general de la biología de sistemas integrativa, donde se combinan datos heterogéneos del nivel molecular con datos fenotípicos del sector sanitario. Un objetivo general es comprender los mecanismos de las enfermedades a nivel de la biología de la red de proteínas. Un área de enfoque adicional es la variación del proteoma humano y la medicina de precisión, donde se investigan los perfiles de reacciones adversas a medicamentos específicos del paciente y la discriminación entre correlaciones de enfermedades relacionadas con el tratamiento y otras comorbilidades. El grupo se dedica a la investigación no basada en hipótesis, donde se combinan y analizan cantidades masivas de datos de tecnologías experimentales muy diferentes con el objetivo de hacer descubrimientos que surjan de los datos en lugar de ser el resultado de experimentos específicos diseñados para confirmar o refutar hipótesis dadas. El grupo Brunak también ha estado muy involucrado a lo largo de los años en el aprendizaje automático y ha producido numerosos métodos de predicción muy utilizados, incluidos SignalP, TargetP, NetGene, NetPhos, NetOglyc, NetNES, distanceP y muchos otros. [10] [11] [12] [13] A partir de 2017 , según Google Scholar , [4] sus publicaciones revisadas por pares más citadas se han publicado en Journal of Molecular Biology , [11] [14] Protein Engineering , [10] y Nature [15] y Nature Methods . [16]

Publicaciones de libros seleccionadas

Premios y honores

Brunak ha sido miembro de la Academia Danesa de Ciencias Naturales desde 1997, miembro de la Junta Directiva de la Sociedad Internacional de Biología Computacional (ISCB) 2001-2004, de la Academia Danesa de Ciencias Técnicas desde 2002, de la Real Sociedad Danesa de Ciencias y Letras desde 2004, y de la Real Academia Sueca de Ciencias desde 2016. Es miembro de la Sociedad Internacional de Biología Computacional (2009), y miembro de la Organización Europea de Biología Molecular en 2009. [1] Brunak recibió el Premio Científico Senior de la ISCB [2] de la Sociedad Internacional de Biología Computacional en 2016 y elegido Miembro de la ISCB en 2011. [3] Fue galardonado con la medalla de oro Julius Thomsen en 2013 [20] y Dir. Premio Ib Henriksens por logros científicos sobresalientes en 2002. [21] Fue galardonado con el Premio Villum Kann Rasmussen de investigación en ciencias naturales y técnicas (2006). [22]

Referencias

  1. ^ ab Anon (2009). "Soren Brunak". people.embo.org . Organización Europea de Biología Molecular . Consultado el 28 de marzo de 2017 .
  2. ^ ab Fogg, Christiana N.; Kovats, Diane K. (2016). "Mensaje de la ISCB: Premio ISCB 2016 a los logros de un científico sénior otorgado a Søren Brunak". Bioinformática . 32 (11): 1758–1759. doi :10.1093/bioinformatics/btw291. ISSN  1367-4803. PMID  27246924. (se requiere suscripción)
  3. ^ ab Anon (2017). "ISCB Fellows". iscb.org . Sociedad Internacional de Biología Computacional . Archivado desde el original el 20 de marzo de 2017.
  4. ^ Publicaciones de abc Søren Brunak indexadas por Google Scholar
  5. ^ "Brunak, Søren". Viaf.org . Consultado el 28 de marzo de 2017 .
  6. ^ Brunak, Søren (1987). Computerens fysik (tesis de maestría). Copenhague: Instituto Niels Bohr. OCLC  476113238.
  7. ^ "Personal - Bioinformática de la DTU". Cbs.dtu.dk . Consultado el 28 de marzo de 2017 .
  8. ^ "Soren Brunak". www.mva.org . Archivado desde el original el 21 de noviembre de 2007.
  9. ^ Publicaciones de Søren Brunak indexadas en la base de datos bibliográfica Scopus . (requiere suscripción)
  10. ^ ab Nielsen, H.; Engelbrecht, J.; Brunak, S.; Von Heijne, G. (1997). "Identificación de péptidos señal procariotas y eucariotas y predicción de sus sitios de escisión". Diseño e ingeniería de proteínas . 10 : 1–6. doi : 10.1093/protein/10.1.1 . PMID  9051728.
  11. ^ ab Dyrløv Bendtsen, J.; Nielsen, H.; Von Heijne, G .; Brunak, S. (2004). "Predicción mejorada de péptidos de señal: SignalP 3.0". Revista de biología molecular . 340 (4): 783–795. CiteSeerX 10.1.1.165.2784 . doi :10.1016/j.jmb.2004.05.028. PMID  15223320. 
  12. ^ Brunak, S.; Engelbrecht, J.; Knudsen, S. (1990). "La red neuronal detecta errores en la asignación de sitios de empalme del ARNm". Nucleic Acids Research . 18 (16): 4797–4801. doi :10.1093/nar/18.16.4797. PMC 331948 . PMID  2395643.  Icono de acceso abierto
  13. ^ Brunak, S.; Engelbrecht, J.; Knudsen, S. (1990). "Limpieza de bases de datos de genes". Nature . 343 (6254): 123. Bibcode :1990Natur.343..123B. doi : 10.1038/343123a0 . PMID  2296305. S2CID  4353367.
  14. ^ Emanuelsson, Olof; Nielsen, Henrik; Brunak, Søren; Von Heijne, Gunnar (2000). "Predicción de la localización subcelular de proteínas en función de su secuencia de aminoácidos N-terminal". Revista de biología molecular . 300 (4): 1005-1016. doi :10.1006/jmbi.2000.3903. ISSN  0022-2836. PMID  10891285.
  15. ^ Qin, Junjie; Li, Ruiqiang; Raes, Jeroen; Arumugam, Manimozhiyan; Burgdorf, Kristoffer Solvsten; Manichanh, Chaysavanh; Nielsen, Trígono; Pons, Nicolás; Levenez, Florencia; Yamada, Takuji; Mende, Daniel R.; Li, Junhua; Xu, Junming; Li, Shaochuan; Li, Dongfang; Cao, Jianjun; Wang, Bo; Liang, Huiqing; Zheng, Huisong; Xie, Yinlong; Toca, Julián; Lepage, Patricia; Bertalán, Marcelo; Batto, Jean-Michel; Hansen, Torben; Le Paslier, Denis; Linneberg, Allan; Nielsen, H. Bjorn; Pelletier, Eric; Renault, Pedro; Sicheritz-Ponten, Thomas; Turner, Keith; Zhu, Hongmei; Yu, Chang; Li, Shengting; Jian, Min; Zhou, Yan; Li, Yingrui; Zhang, Xiuqing; Li, Songgang; Qin, Nan; Yang, Huanming; Wang, Jian; Brunak, Søren; Doré, Joel; Guarner, Francisco; Kristiansen, Karsten; Pedersen, Oluf; Parkhill, Julián; Weissenbach, Jean; Antolín, María; Artiguenave, François; Blottiére, Hervé; Borruel, Natalia; Bruls, Thomas; Casellas, Francesc; Chervaux, cristiano; Cultrone, Antonella; Delorme, Christine; Denariaz, Gérard; Dervyn, Rozenn; Fuerte, Miguel; Friss, Carsten; van de Guchte, Martín; Guédon, Eric; Haimet, Florencia; Jamet, Alejandro; Justo, Catherine; Kaci, Ghalia; Kleerebezem, Michiel; Knol, enero; Kristensen, Michel; Layec, Séverine; Le Roux, Karine; Leclerc, Marion; Maguin, Emmanuelle; Melo Minardi, Raquel; Moco, Raish; Rescigno, María; Sánchez, Nicolás; Tims, Sebastián; Torrejón, Toni; Varela, Encarna; de Vos, Willem; Winogradsky, Yohanan; Zoetendal, Erwin; Bork, compañero; Ehrlich, S. Dusko; Wang, junio (2010). "Un catálogo de genes microbianos del intestino humano establecido mediante secuenciación metagenómica". Naturaleza . 464 (7285): 59–65. Bibcode :2010Natur.464...59.. doi :10.1038/nature08821. ISSN  0028-0836. PMC 3779803 . PMID  20203603.  (se requiere suscripción)
  16. ^ Petersen, Thomas Nordahl; Brunak, Søren; von Heijne, Gunnar; Nielsen, Henrik (2011). "SignalP 4.0: discriminación de péptidos señal de regiones transmembrana". Métodos de la naturaleza . 8 (10): 785–786. doi : 10.1038/nmeth.1701 . ISSN  1548-7091. PMID  21959131. S2CID  16509924.
  17. ^ Brunak S, Lautrup B (1990). Redes neuronales: computadoras con intuición . World Scientific Publishing. ISBN 978-9971-5-0939-2.(también publicado en danés y alemán)
  18. ^ Baldi P, Brunak S (2001). Bioinformática: el enfoque del aprendizaje automático (2.ª ed.). MIT Press.[ Falta ISBN ]
  19. ^ Lund O, Nielsen M, Lundegaard C, Kesmir C, Brunak S (2005). Bioinformática Inmunológica . Prensa del MIT.[ Falta ISBN ]
  20. ^ "Día de Conmemoración 2013 - DTU".
  21. ^ "Empresa de forrajeo".
  22. ^ "Ganadores anteriores del premio anual". 2017-03-22.