[1] A su muerte, había más de 3000 volúmenes, incluido el diario, todos cuidadosamente catalogados e indexados; forman una de las bibliotecas privadas más importantes que se conservan del siglo XVII .
Pepys hizo provisiones detalladas en su testamento para la preservación de su colección de libros, y cuando su sobrino y heredero, John Jackson, murió en 1723, fue transferido intacto a Magdalena.
La biblioteca está ubicada en una habitación en el primer piso del edificio Pepys en el segundo patio de la universidad.
Contiene 3.000 libros conservados en las librerías de Pepys para ellos (quizás aquellos que su revista atribuye a Sympson the Joiner ) y organizados por tamaño tal como los había catalogado.
Los elementos más importantes de la biblioteca son los seis manuscritos encuadernados originales del diario de Pepys, pero hay otros fondos notables, que incluyen:[2]