La región está limitada por los Andes orientales a lo largo del borde occidental y se extiende hasta las fronteras con Venezuela y Brasil en el este. El límite norte comienza con los ríos Guaviare y Vichada y se extiende hacia el sur hasta los ríos Putumayo y Amazonas.
La región amazónica se divide en distintas subregiones:
Estribaciones amazónicas: bordeando los Andes orientales
Trapecio Amazónico: el área de tierra que realmente limita con el río Amazonas
Otros ríos importantes son el Vaupés, Apaporis y Yarí.
Biodiversidad
El bosque húmedo tropical se clasifica más específicamente como un bosque tropical húmedo latifoliado . Dentro de la región amazónica colombiana existen cinco ecorregiones de bosque húmedo :
Bosques húmedos de Caquetá : la mayor parte de la región amazónica colombiana centrada en los ríos Caquetá, Vaupés, Yarí y Apaporis
Bosques húmedos de Napo : el extremo suroeste de la región amazónica colombiana que limita con los Andes e incluye las cabeceras de los ríos Caquetá y Putumayo.
Bosques húmedos Japurá-Solimões-Negro : esta ecorregión apenas se extiende hacia Colombia principalmente alrededor del Bajo Vaupés y los ríos Negro.
Campinarana : esta ecorregión de bosques de arena blanca y pantanos apenas se extiende hacia Colombia alrededor del río Negro en el Departamento de Vaupés
