16S ribosomal RNA

د ترموس ترموفیلس څخه د 30S Subunit مالیکولر جوړښت . پروټینونه په نیلي او واحد RNA سټنډ کې په سور نارنجي - نسواري رنګ کې ښودل شوي. [1]

16 S ribosomal RNA (یا 16 S rRNA ) د پروکریوټیک ریبوزوم ( SSU rRNA ) د 30S سبونیټ RNA برخه ده . دا د شین - دلګارنو ترتیب سره تړلی او د SSU ډیری جوړښت چمتو کوي.

د دې لپاره د جینونو کوډ کول د 16S rRNA جینونو په نوم یادیږي او د جین د دې سیمې د تکامل ورو ورو نرخونو له امله د phylogenies په بیارغونه کې کارول کیږي . کارل وویس او جورج ای فاکس دوه هغه کسان وو چې په 1977 کې یې د 16S rRNA په phylogenetics کې کارول پیل کړل . [۴]

افعال

جوړښت

SSU Ribosomal RNA، باکتریا او آرشیا. له Woese 1987. [6]

یونیورسل پریمر

د 16S rRNA جین د phylogenetic مطالعاتو لپاره کارول کیږي [7] ځکه چې دا د بکتیریا او لرغونو نوعو ترمنځ خورا ډیر ساتل کیږي. [8] کارل وویس په 1977 کې د 16S rRNA د دې کارونې پیلامه وکړه. [2] وړاندیز کیږي چې د 16S rRNA جین د باور وړ مالیکولر ساعت په توګه وکارول شي ځکه چې د 16S rRNA سلسله د لرې پورې اړوند باکتریایی نسبونو څخه ورته فعالیت ښودل شوي. [9] ځینې ترموفیلیک لرغونتیا (د بیلګې په توګه ترموپروټیلز ) د 16S rRNA جین انټرونونه لري چې په خورا خوندي سیمو کې موقعیت لري او کولی شي د "نړیوال" پریمرونو انیل کولو اغیزه وکړي . [۱۰] مایتوکونډریال او کلوروپلاستیک rRNA هم پراخ شوي دي. [11]

ترټولو عام پریمر جوړه د ویسبرګ او ال لخوا جوړه شوې وه. (1991) [7] او اوس مهال د 27F او 1492R په توګه راجع کیږي؛ په هرصورت، د ځینو غوښتنلیکونو لپاره ممکن لنډ امپلیکون اړین وي، د بیلګې په توګه د 454 ترتیب لپاره د ټایټینیم کیمیا سره د پریمر جوړه 27F-534R V1 څخه V3 پوښل. [12] اکثرا 8F د 27F پرځای کارول کیږي. دوه پرائمرونه تقریبا یو شان دي، مګر 27F د C پر ځای M لري. AGAGTTTGATC M TGGCTCAG د 8F په پرتله. [13]

د PCR او NGS غوښتنلیکونه

د خورا محافظه شوي پرائمر پابند ځایونو سربیره، د 16S rRNA جین ترتیبونه د هایپر ویریبل سیمې لري چې کولی شي د باکتریا پیژندلو لپاره ګټور ډولونه ځانګړي لاسلیک ترتیبونه چمتو کړي. د پایلې په توګه، د 16S rRNA جین ترتیب کول په طبي مایکروبیولوژي کې د باکتریا پیژندنې د فینوټایپیک میتودونو لپاره د چټک او ارزانه بدیل په توګه رواج شوی . [23] که څه هم دا په اصل کې د باکتریا پیژندلو لپاره کارول کیده، د 16S ترتیب کول وروسته وموندل شول چې په بشپړ ډول نوي ډولونو ، [24] یا حتی جینرا ته د باکتریا بیا طبقه بندي کولو توان لري . [7] [25] دا د نوي ډولونو تشریح کولو لپاره هم کارول شوی چې هیڅکله یې په بریالیتوب سره کلتور نه دی کړی. [26] [27] د دریم نسل ترتیب ډیری لابراتوارونو ته د رسیدو سره ، د زرګونو 16S rRNA ترتیبونو په یو وخت پیژندنه په ساعتونو کې ممکنه ده، د میټاګینومیک مطالعاتو ته اجازه ورکوي، د بیلګې په توګه د کولمو فلورا . [28] په هغو نمونو کې چې د تایید شوي انتاناتو ناروغانو څخه راټول شوي، د 16S rRNA راتلونکی نسل ترتیب (NGS) د دودیزو کلتوري میتودونو په پرتله په 40٪ قضیو کې د کشف زیاتوالی ښودلی. سربیره پردې، د انټي بیوټیک دمخه نمونې اخیستل د 16S NGS حساسیت باندې د پام وړ اغیزه نه کوي. [۲۹]

د لوړ تغیر وړ سیمې

د باکتریا 16S جین نهه هایپروریبل سیمې (V1-V9) لري، چې د 30 څخه تر 100 پورې د بیس جوړه اوږدوالی لري، چې د کوچني ریبوسومال سبونیټ په ثانوي جوړښت کې ښکیل دي . [30] د محافظت کچه ​​د هایپر ویریبل سیمو تر مینځ په پراخه کچه توپیر لري، ډیر محافظت شوي سیمې د لوړې کچې ټیکونومي سره تړاو لري او لږ ساتل شوي سیمې ټیټې کچې ته لکه جینس او ​​ډولونه. [31] پداسې حال کې چې د 16S ټول ترتیب د ټولو هایپر ویرایبل سیمو پرتله کولو ته اجازه ورکوي، نږدې 1,500 بیس جوړه اوږده کیدی شي دا د مطالعې لپاره خورا ګران وي چې د متنوع باکتریایی ټولنو پیژندلو یا مشخص کولو په لټه کې وي. [31] دا مطالعات عموما د Illumina پلیټ فارم څخه کار اخلي، کوم چې په ترتیب سره د 454 pyrosequencing او Sanger sequencing په پرتله 50-fold او 12,000-fold لږ ارزانه لوستل تولیدوي . [32] پداسې حال کې چې ارزانه او د ټولنې ژور پوښښ ته اجازه ورکوي، د ایلومینا ترتیب یوازې د 75-250 بیس پیړۍ اوږده لوستل تولیدوي (د Illumina MiSeq سره تر 300 پورې بیس جوړه)، او د ټولنې په نمونو کې د بشپړ جین د باوري کولو لپاره هیڅ پروتوکول نلري. [33] بشپړ هایپر بدلیدونکي سیمې د یو واحد ایلومینا چلولو څخه راټول کیدی شي ، په هرصورت ، دوی د پلیټ فارم لپاره غوره هدفونه جوړوي. [۳۳]

پداسې حال کې چې د 16S هایپر ویرایبل سیمې د باکتریا تر مینځ په ډراماتیک ډول توپیر کولی شي، د 16S جین په ټولیزه توګه د خپل یوکرایټیک سیال ( 18S ریبوسومل RNA ) په پرتله ډیر اوږدوالی همغږي ساتي، کوم چې کولی شي سمون اسانه کړي. [34] سربیره پردې، د 16S جین د هایپر ویرایبل سیمو تر مینځ خورا خوندي ترتیبونه لري، د یونیورسل پرائمرونو ډیزاین ته وړتیا ورکوي چې کولی شي په مختلف ټیکسا کې د 16S ترتیب ورته برخې په معتبر ډول تولید کړي . [35] که څه هم هیڅ ډول هایپر ویریبل سیمه نشي کولی ټول باکتریا له ډومین څخه تر نوعو پورې په سمه توګه طبقه بندي کړي، ځینې کولی شي په معتبر ډول د ځانګړي ټیکونومیک کچې وړاندوینه وکړي. [31] د ټولنې ډیری مطالعې د دې دلیل لپاره د V4 په څیر نیمه ساتل شوي هایپر ویریبل سیمې غوره کوي، ځکه چې دا کولی شي د فیلم په کچه د بشپړ 16S جین په څیر دقیق حل چمتو کړي. پداسې حال کې چې لږ ساتل شوي سیمې د نوي ډولونو طبقه بندي کولو لپاره مبارزه کوي کله چې د لوړ ترتیب ټیکونومي نامعلومه وي، دوی ډیری وختونه د ځانګړو ناروغیو شتون کشف کولو لپاره کارول کیږي. په یوه څیړنه کې د چکرورتي او ال لخوا. په 2007 کې، لیکوالانو د مختلفو ناروغیو د V1-V8 سیمې مشخصې کړې ترڅو معلومه کړي چې کوم هایپر ویریبل سیمې به د ناروغۍ ځانګړي او پراخه ارزونو لپاره شاملولو لپاره خورا ګټور وي . [36] د نورو موندنو په مینځ کې، دوی یادونه وکړه چې د V3 سیمه د ټولو ازموینو لپاره د جینس په پیژندلو کې خورا ښه وه، او دا چې V6 د ټولو CDC لیدل شوي رنځجنونو تر مینځ په توپیر کې خورا دقیق و ، په شمول د انتراکس . [۳۶]

پداسې حال کې چې د 16S هایپر ویرایبل سیمه تحلیل د باکتریا ټیکونومیک مطالعاتو لپاره یو پیاوړی وسیله ده، دا د نږدې اړوند ډولونو ترمنځ توپیر کولو لپاره مبارزه کوي. د Enterobacteriaceae ، Clostridiaceae او Peptostreptococcaceae په کورنیو کې ، ډولونه کولی شي د بشپړ 16S جین په اوږدو کې تر 99٪ پورې ترتیب ورته والی ولري . د پایلې په توګه ، د V4 ترتیبونه یوازې د یو څو نیوکلیوټایډونو سره توپیر کولی شي ، د حوالې ډیټابیسونه د دې توان نلري چې دا باکتریا په ټیټ ټیکونومیک کچه په معتبر ډول طبقه بندي کړي. [37] د 16S تحلیل محدودولو سره د هایپر ویریبل ساحو غوره کولو لپاره، دا مطالعات کولی شي په نږدې اړونده ټیکا کې د توپیرونو لیدلو کې پاتې راشي او دوی په واحد ټیکونومیک واحدونو کې ګروپ کړي، له دې امله د نمونې ټول تنوع کموي. سربیره پردې ، باکتریا جینومونه کولی شي ډیری 16S جینونه ځای په ځای کړي، د V1، V2، او V6 سیمو سره چې د انټراسپیز خورا لوی تنوع لري. [8] پداسې حال کې چې د باکتریا ډولونو طبقه بندي کولو خورا دقیق میتود ندی، د هایپر ویریبل سیمو تحلیل یو له خورا ګټورو وسیلو څخه پاتې دی چې د باکتریا ټولنې مطالعاتو لپاره شتون لري. [۳۷]

د 16S rRNA جینونو تفاوت

د دې انګیرنې له مخې چې تکامل د عمودی لیږد په واسطه پرمخ وړل کیږي ، د 16S rRNA جینونه د اوږدې مودې لپاره داسې انګیرل کیږي چې د ډولونو لپاره ځانګړي دي، او د جنیټیک مارکرانو په توګه بې اعتباره دي چې د پروکاریوټس ترمنځ فایلوجنیټیک اړیکو ته اشاره کوي . په هرصورت، د کتنې مخ په زیاتیدونکي شمیر د دې جینونو د افقی لیږد پیښې وړاندیز کوي . د طبیعي پیښو د مشاهدو سربیره، د دې جینونو لیږد وړتیا د یو ځانګړي Escherichia coli جینیاتی سیسټم په کارولو سره په تجربوي توګه ملاتړ کیږي. د کوربه په توګه د E. coli د null mutant په کارولو سره ، د متغیر فشار وده د بهرنیو 16S rRNA جینونو لخوا بشپړ شوي چې د فیلم په کچه د E. coli څخه په فایلوجنیټیک ډول توپیر درلود. [38] [39] دا ډول فعال مطابقت په Thermus thermophilus کې هم لیدل شوی . سربیره پردې ، په T. ترموفیلس کې ، دواړه بشپړ او جزوي جین لیږد لیدل شوی. جزوي لیږد د کوربه او بهرني باکتریا جینونو تر مینځ د ظاهري تصادفي کیمیرا په ناڅاپي ډول رامینځته کیدو پایله درلوده. په دې توګه، د 16S rRNA جینونه ممکن د ډیری میکانیزمونو له لارې رامینځته شوي وي، په شمول د عمودی میراث او افقی جین لیږد ؛ د وروستي تعدد ممکن د پخوا په پرتله خورا لوړ وي. [۴۱]

16S ریبوسومال ډیټابیسونه

د 16S rRNA جین د مایکروبونو د طبقه بندي او پیژندنې لپاره د معیار په توګه کارول کیږي، ځکه چې دا په ډیرو میکروبونو کې شتون لري او مناسب بدلونونه ښیي. [۴۲] د ډیرو باکتریاو او لرغونو آثارو لپاره د 16S rRNA جین ترتیبونو ډولونه په عامه ډیټابیسونو کې شتون لري، لکه NCBI . په هرصورت، په دې ډیټابیسونو کې موندل شوي ترتیبونو کیفیت اکثرا نه تایید کیږي. له همدې امله، ثانوي ډیټابیسونه چې یوازې د 16S rRNA ترتیبونه راټولوي په پراخه کچه کارول کیږي.

سلوا

SILVA د ژوند د ټولو دریو ډومینونو لپاره د وړو وړو (16S / 18S ، SSU ) او لوی سبونیټ ( 23S / 28S ، LSU ) ribosomal RNA (rRNA) سلسلې جامع، کیفیت چک شوي او په منظمه توګه تازه شوي ډیټاسیټونه چمتو کوي او همدارنګه د لټون یوه ټولګه، د پریمر ډیزاین او ترتیب کولو وسیلې (باکتریا، لرغونې او یوکریا). [۴۳]

ګرین جینز

ګرین جینز د کیفیت کنټرول شوی ، جامع 16S rRNA جین حوالې ډیټابیس او ټیکونومي د ډی نوو فیلوجیني پراساس دی چې د معیاري عملیاتي ټیکونومیک واحد سیټونه چمتو کوي. [44] [45] په 2023 کې، GreenGenes2 خپور شو. [۴۶]

EzBioCloud

د EzBioCloud ډیټابیس، چې پخوا د EzTaxon په نوم پیژندل شوی و ، د بشپړ درجه بندي ټیکونومیک سیسټم څخه مشتمل دی چې 62,988 باکتریاوې او د لرغونو ډولونو / فیلوټایپونو څخه مشتمل دي چې د سپتمبر 2018 پورې 15,290 معتبر خپاره شوي نومونه پکې شامل دي. ډولونه/ فرعي ډولونه لږترلږه د 16S rRNA جین ترتیب لخوا نمایش کیږي. د EzBioCloud ډیټابیس په منظم ډول ترتیب شوی او په منظمه توګه تازه کیږي چې پدې کې د نوماندانو نوي ډولونه هم شامل دي. سربیره پردې، ویب پاڼه د QIIME او Mothur پایپ لاین لپاره د بایو انفارماتیک وسایل لکه ANI کیلکولیټر، ContEst16S او 16S rRNA DB چمتو کوي. [۴۷]

MIMt

MIMt د ګړندي میټاجینومیک نمونو پیژندنې لپاره یو کمپیکٹ غیر بې ځایه 16S ډیټابیس دی. دا د 48,749 بشپړ 16S ترتیبونو څخه جوړه شوې ده چې د 24,626 ښه طبقه بندي بکتیریا او لرغونو ډولونو پورې اړه لري. ټولې ترتیبونه په NCBI کې زیرمه شوي بشپړ جینومونو څخه ترلاسه شوي او د هرې لړۍ لپاره بشپړ ټیکونومیک درجه بندي چمتو شوې. دا هیڅ بې ځایه نه لري، نو د هر ډول لپاره یوازې یو استازی په پام کې نیول شوی و چې د مختلفو فشارونو، جلا کولو یا پاټووارونو څخه د ورته ترتیبونو څخه ډډه وکړي چې په پایله کې د مایکرو ارګانیزمونو پیژندلو لپاره خورا ګړندۍ وسیله ده، د هر ډول طبقه بندي سافټویر (QIIME، Mothur، DADA، etc) سره مطابقت لري. [۴۸]

د ریبوسومال ډیټابیس پروژه

د ریبوسومل ډیټابیس پروژه (RDP) یو جوړ شوی ډیټابیس و چې د اړونده برنامو او خدماتو سره د ریبوسوم ډیټا وړاندیز کوي. په پیشنهادونو کې د ریبوسومال RNA (rRNA) سلسلې د فایولوژیکي پلوه ترتیب شوي ترتیبونه شامل دي، د فایلوجنیټیک ونې اخستل شوي، د rRNA ثانوي جوړښت ډیاګرامونه او د ونو او ونو د سمبالولو، تحلیل او ښودلو لپاره مختلف سافټویر کڅوړې شاملې وې. [49] د دې لوی اندازې له امله د RDP ډیټابیس ډیری وختونه د بایو انفارمیټیک وسیلې پراختیا او په لاسي ډول جوړ شوي ډیټابیسونو رامینځته کولو اساس په توګه کارول کیږي. [50] د RDP سرور په 2023 کې آفلاین شوی و ، مګر سافټویر لاهم د ډاونلوډ لپاره شتون لري. [۵۱]

حوالې

  1. ^ Schluenzen F، Tocilj A، Zarivach R، Harms J، Gluehmann M، Janell D، et al. (سپتمبر 2000). "په 3.3 انګسټروم ریزولوشن کې د فعال فعال کوچني ریبوسومل سبونیټ جوړښت". حجره​ 102 (5): 615– 623. doi : 10.1016/S0092-8674(00)00084-2 . PMID  11007480. S2CID  1024446.
  2. ^ ab Woese CR , Fox GE (نومبر 1977). "د پروکاریوټیک ډومین فیلوجینیک جوړښت: لومړني سلطنتونه". د متحده ایالاتو د متحده ایالاتو د علومو اکاډمۍ پروسې . 74 (11): 5088- 5090. بي بي کوډ : 1977PNAS...74.5088W. doi : 10.1073/ pnas.74.11.5088 PMC 432104​ PMID  270744. د لاسرسي آیکون خلاص کړئ
  3. ^ وویس سی آر ، کنډلر او، ویلس ایم ایل (جون 1990). "د ژوندی موجوداتو د طبیعی سیسټم په لور: د ارچیا، باکتریا او یوکریا د ډومینونو لپاره وړاندیز". د متحده ایالاتو د متحده ایالاتو د علومو اکاډمۍ پروسې . 87 (12): 4576– 4579. بي بي کوډ : 1990PNAS...87.4576W. doi : 10.1073/ pnas.87.12.4576 PMC 54159​ PMID  2112744. 
  4. ^ Case RJ، Boucher Y، Dahllöf I، Holmström C، Doolittle WF، Kjelleberg S (جنوري 2007). "د مایکروبیل ایکولوژي مطالعاتو لپاره د مالیکولر مارکر په توګه د 16S rRNA او rpoB جینونو کارول". تطبیق شوي او چاپیریال مایکروبیولوژي 73 (1): 278- 288. بی بی کوډ : 2007ApEnM..73..278C. doi :10.1128/AEM.01177-06. PMC 1797146​ PMID  17071787. 
  5. ^ Czernilofsky AP, Kurland CG , Stöffler G (اکتوبر 1975). "30S ribosomal پروټین د 16S RNA د 3'-ټرمینس سره تړاو لري". د FEBS لیکونه 58 (1): 281– 284. بی بی کوډ : 1975FEBSL..58..281C. doi : 10.1016/0014-5793(75) 80279-1 PMID  1225593. S2CID  22941368.
  6. ^ Woese CR (جون 1987). "د باکتریا ارتقاء". مایکروبیولوژیکي بیاکتنې 51 (2): 221-271 . doi :10.1128/MR.51.2.221-271.1987. PMC 373105​ PMID  2439888. 
  7. ^ abc Weisburg WG, Barns SM, Pelletier DA, Lane DJ (جنوري 1991). "د فایلوجینیک مطالعې لپاره 16S ریبوسومال DNA امپلیفیکیشن". د باکتریالوژی ژورنال . 173 (2): 697– 703. doi :10.1128/jb.173.2.697-703.1991. PMC 207061​ PMID  1987160. 
  8. ^ ab Coenye T, Vandamme P (نومبر 2003). "په ترتیب شوي باکتریایی جینومونو کې د څو 16S ریبوسومل RNA اوپرونونو تر مینځ انټراجینومیک هیټروجنیت". د FEMS مایکروبیولوژي لیکونه 228 (1): 45– 49. doi : 10.1016/S0378-1097(03)00717-1 . PMID  14612235.
  9. ^ Tsukuda M, Kitahara K, Miyazaki K (اګسټ 2017). د RNA فعالیت مقایسه تحلیل د لرې پورې اړوند باکتریا 16 S rRNAs ترمینځ لوړ فعالیت ورته والی څرګندوي. ساینسي راپورونه 7 (1): 9993. بي بي کوډ : 2017NatSR...7.9993T. doi : 10.1038/s41598-017-10214-3. PMC 5577257​ PMID  28855596. 
  10. ^ Jay ZJ، Inskeep WP (جولای 2015). "توزیع، تنوع، او د 16S rRNA جین انټرون اهمیت د ترموپروټیلیس ترتیب کې". بیولوژي مستقیم 10 (35): 35. doi : 10.1186/s13062-015-0065-6 . PMC 4496867​ PMID  26156036. 
  11. ^ واکر، سیډني پی. بیرټ، موریس؛ هوګن، ګلین؛ فلورس بوسو، ینسي؛ کلیسون، مارکوس ج. ټنګني، مارک (2020-10-01). "د انسان د DNA غیر مشخص پراخول د 16S rRNA جین ترتیب تحلیل لپاره یوه لویه ننګونه ده". ساینسي راپورونه 10 (1): 16356. doi :10.1038/s41598-020-73403-7. ISSN  2045-2322. PMC 7529756​ PMID  33004967. 
  12. ^ "د انسان مایکروبیوم پروژه DACC - کور". www.hmpdacc.org ​په 2010-10-30 کې د اصلي څخه آرشیف شوی.
  13. ^ ab "Primers, 16S ribosomal DNA - François Lutzoni's Lab". lutzonilab.net ​په 2012-12-27 کې د اصلي څخه آرشیف شوی.
  14. ^ ab Eden PA, Schmidt TM, Blakemore RP, Pace NR (اپریل 1991). "د پولیمیریز چین عکس العمل په کارولو سره د Aquaspirillum magnetotacticum Phylogenetic شننه - د 16S rRNA ځانګړي DNA په کارولو سره". د سیستماتیک باکتریالوژی نړیواله ژورنال . 41 (2): 324- 325. doi : 10.1099/00207713-41-2-324 . PMID  1854644.
  15. ^ اب جیمز، ګریګ (15 می 2018). "د پی سی آر او د 16S rRNA جین د DNA تسلسل لخوا نړیوال باکتریا پیژندنه". د کلینیکي مایکروبیولوژي لپاره PCR پسرلی، دوردریچت. مخونه  209-214 . doi :10.1007/978-90-481-9039-3_28. ISBN 978-90-481-9038-6.
  16. ^ ab Weidner S, Arnold W, Puhler A (مارچ 1996). "د غیر کرل شوي مایکرو ارګانیزمونو تنوع چې د سیګراس هیلوفیلا سټیپولیسیا سره تړاو لري د PCR-amplified 16S rRNA جینونو د محدودیت ټوټې اوږدوالي پولیمورفیزم تحلیل لخوا اټکل شوی" (PDF) . تطبیق شوي او چاپیریال مایکروبیولوژي 62 (3): 766– 771. بي بي کوډ : 1996ApEnM..62..766W. doi :10.1128/AEM.62.3.766-771.1996. PMC 167844​ PMID  8975607. آرشیف شوی (PDF) له اصلي څخه په 2011-07-15. 
  17. ^ پارک، چانگ وو؛ کیم، سیونګ بوم؛ چوی، سنګ هو؛ کیم، سیل (2021). "د 16S rRNA جین پراساس د مایکروبیل پروفایل کولو پرتله کول د پنځو راتلونکي نسل سیکوینسرونو او مختلف پریمرونو په کارولو سره". په مایکروبیولوژي کې سرحدونه ۱۲ . doi : 10.3389/ fmicb.2021.715500 ISSN  1664-302X. PMC 8552068​ PMID  34721319. 
  18. ^ Eloe-Fadrosh EA, Ivanova NN, Woyke T, Kyrpides NC (فبروري 2016). "میټاګینومکس د مایکروبیل تنوع د امپلیکون پراساس کشف کې تشې روښانه کوي". د طبیعت مایکروبیولوژي 1 (4): 15032. doi :10.1038/nmicrobiol.2015.32. OSTI  1379258. PMID  27572438. S2CID  27232975.
  19. ^ Bergmann GT, Bates ST, Eilers KG, Lauber CL, Caporaso JG, Walters WA, et al. (جولای ۲۰۱۱). "په خاوره کې د باکتریا په ټولنو کې د ویروکومیکروبیا کم پیژندل شوی تسلط". د خاوری بیولوژی او بیولوژی 43 (7): 1450- 1455. بی بی کوډ : 2011SBiBi..43.1450B. doi :10.1016/j.soilbio.2011.03.012. PMC 3260529​ PMID  22267877. 
  20. ^ جیانګ ایچ، دونګ ایچ، جانګ جی، یو بی، چپمن ایل آر، فیلډز میګاواټ (جون 2006). "په اوبو کې د مایکروبیل تنوع او د چاکا جهيل ، د چین په شمال لویدیز کې د اتلسوهالین جهيل" تطبیق شوي او چاپیریال مایکروبیولوژي 72 (6): 3832– 3845. بي بي کوډ : 2006ApEnM..72.3832J. doi :10.1128/AEM.02869-05. PMC 1489620​ PMID  16751487. 
  21. ^ پریرا ایف، کارنیرو J، ماتیسین آر، وین اسچ بی، پینټو این، ګوسمو ایل، اموریم A (دسمبر 2010). "د ډولونو پیژندنه د متغیر اوږدوالي سلسلې ملټي پلیکس تحلیل لخوا". د نیوکلیک اسیدونو څیړنه 38 (22): e203. doi : 10.1093/nar/gkq865. PMC 3001097​ PMID  20923781. 
  22. ^ کولبرټ CP، پرسینګ DH (جون 1999). "د باکتریایي رنځونو پیژندلو لپاره د یوې وسیلې په توګه د ریبوسومل DNA ترتیب کول". په مایکروبیولوژي کې اوسنی نظر 2 (3): 299– 305. doi :10.1016/S1369-5274(99)80052-6. PMID  10383862.
  23. ^ کلاریج JE (اکتوبر 2004). "په کلینیکي مایکروبیولوژي او ساري ناروغیو باندې د باکتریا پیژندلو لپاره د 16S rRNA جین ترتیب تحلیل اغیزې". کلینیکي مایکروبیولوژي بیاکتنې 17 (4): 840-62 ، د منځپانګو جدول. doi :10.1128/CMR.17.4.840-862.2004. PMC 523561​ PMID  15489351. 
  24. ^ Lu T، Stroot PG، Oerther DB (جولای 2009). "په چاپیریال کې د ریبوزوم ترکیب کولو باکتریا نفوس څارلو لپاره د 16S rRNA برعکس لیږد". تطبیق شوي او چاپیریال مایکروبیولوژي 75 (13): 4589– 4598. بی بی کوډ : 2009ApEnM..75.4589L. doi :10.1128/AEM.02970-08. PMC 2704851​ PMID  19395563 
  25. ^ Brett PJ, DeShazer D, Woods DE (جنوري 1998). "Burkholderia thailandensis sp. nov.، د Burkholderia pseudomallei په څیر ډولونه". د سیستماتیک باکتریالوژی نړیواله ژورنال . 48 Pt 1 (1): 317– 320. doi : 10.1099/00207713-48-1-317 . PMID  9542103.
  26. ^ Schmidt TM, Relman DA (1994). "د ریبوسومال RNA ترتیبونو په کارولو سره د غیر کلتوري ناروغیو فایلوجینیک پیژندنه" . د باکتریایی رنځجنیسس برخه A: د ویروس فکتورونو پیژندنه او تنظیم کول . په انزایمولوژي کې میتودونه. والی 235. مخونه 205-222. doi : 10.1016/0076-6879(94)35142-2. ISBN 978-0-12-182136-4. PMID  7520119.
  27. ^ خړ JP، Herwig RP (نومبر 1996). "په سمندري برخو کې د باکتریایي ټولنو فیلوجینیک تحلیل". تطبیق شوي او چاپیریال مایکروبیولوژي 62 (11): 4049– 4059. بي بي کوډ : 1996ApEnM..62.4049G. doi :10.1128/AEM.62.11.4049-4059.1996. PMC 168226​ PMID  8899989. 
  28. ^ Sanschagrin S, Yergeau E (اګسټ 2014). "د 16S ریبوسومال RNA جین امپلیکون راتلونکي نسل ترتیب". د بصری تجربو ژورنال (90). doi : 10.3791/51709. PMC 4828026​ PMID  25226019 
  29. ^ بوټان، الکساندرو؛ کمپیسیانو، جیوسیپینا؛ زرباټو، ویرنا؛ دی بیلا، سټیفانو؛ سیمونيتي، عمر؛ بسټي، مرینا؛ Toc, Dan Alexandru; لوزاټي، رابرټو؛ کومار، مانولا (2024-06-21). "د 16S rRNA جین د راتلونکي نسل ترتیب کولو فعالیت او په کلینیکي نمونو کې د باکتریا په کشف کې د کلتور میتود". تشخیص​ 14 (13): 1318. doi : 10.3390/diagnostics14131318 . ISSN  2075-4418. PMC 11240331​ PMID  39001210. 
  30. ^ خړ MW، Sankoff D، Cedergren RJ (جولای 1984). "د ژوندی موجوداتو او اورګانیلونو د تکامل نزول په اړه: یو نړیوال فیلوجیني چې په کوچني سبونیټ ریبوسومال RNA کې د خورا محافظه شوي ساختماني کور پراساس دی". د نیوکلیک اسیدونو څیړنه 12 (14): 5837– 5852. doi :10.1093/nar/12.14.5837. PMC 320035​ PMID  6462918. 
  31. ^ abcd Yang B, Wang Y, Qian PY (مارچ 2016). "په فیلوجینیټیک تحلیل کې د 16S rRNA جینونو کې د هایپر ویریبل سیمو حساسیت او ارتباط". BMC بایو انفارماتیک 17 (1): 135. doi : 10.1186/s12859-016-0992-y . PMC 4802574​ PMID  27000765. 
  32. ^ Bartram AK, Lynch MD, Stearns JC, Moreno-Hagelsieb G, Neufeld JD (جون 2011). "د پیچلو مایکروبیل ټولنو څخه د ملټي ملیون تسلسل 16S rRNA جین کتابتونونو رامینځته کول د جوړ شوي پای ایلومینا لوستلو په راټولولو سره". تطبیق شوي او چاپیریال مایکروبیولوژي 77 (11): 3846– 3852. بي بي کوډ : 2011ApEnM..77.3846B. doi :10.1128/AEM.02772-10. PMC 3127616​ PMID  21460107. 
  33. ^ ab Burke CM, Darling AE (20-09-2016). "په Illumina MiSeq کې د نږدې بشپړ اوږدوالي 16S rRNA جینونو د لوړ دقیق ترتیب لپاره میتود". پیر جي 4 : e2492. doi : 10.7717/ peerj.2492 PMC 5036073​ PMID  27688981. 
  34. ^ Van de Peer Y, Chapelle S, De Wachter R (سپتمبر 1996). "په بکتیریا rRNA کې د نیوکلیوټایډ بدیل نرخونو کمیتي نقشه". د نیوکلیک اسیدونو څیړنه 24 (17): 3381– 3391. doi :10.1093/nar/24.17.3381. PMC 146102​ PMID  8811093. 
  35. ^ abc Větrovský T, Baldrian P (27-02-2013). "په باکتریا جینومونو کې د 16S rRNA جین تغیر او د باکتریا ټولنې تحلیلونو لپاره د هغې پایلې". PLOS ONE 8 (2): e57923. بي بي کوډ : 2013PLoSO...857923V. doi : 10.1371/ journal.pone.0057923 PMC 3583900​ PMID  23460914 
  36. ^ ab Chakravorty S, Helb D, Burday M, Connell N, Alland D (مۍ 2007). "د روژوجنیک باکتریا تشخیص لپاره د 16S ریبوسومال RNA جین برخو تفصيلي تحلیل". د مایکروبیولوژیکي میتودونو ژورنال . 69 (2): 330- 339. doi :10.1016/j.mimet.2007.02.005. PMC 2562909​ PMID  17391789. 
  37. ^ abc Jovel J، Patterson J، Wang W، Hotte N، O'Keefe S، Mitchel T، et al. (2016-01-01). "د 16S یا شاټګن میټاګینومکس په کارولو سره د کولمو مایکروبیوم ځانګړتیا". په مایکروبیولوژي کې سرحدونه 7 : 459. doi : 10.3389/fmicb.2016.00459 . PMC 4837688​ PMID  27148170. 
  38. ^ Kitahara K, Yasutake Y, Miyazaki K (نومبر 2012). "د 16S ribosomal RNA متقابل ځواک، په Escherichia coli کې د تجربوي افقی جین لیږد لخوا ښودل شوی". د متحده ایالاتو د متحده ایالاتو د علومو اکاډمۍ پروسې . 109 (47): 19220– 19225. بي بي کوډ : 2012PNAS..10919220K. doi : 10.1073/ pnas.1213609109 PMC 3511107​ PMID  23112186. 
  39. ^ Tsukuda M, Kitahara K, Miyazaki K (اګسټ 2017). د RNA فعالیت مقایسه تحلیل د لرې پورې اړوند باکتریا 16 S rRNAs ترمینځ لوړ فعالیت ورته والی څرګندوي. ساینسي راپورونه 7 (1): 9993. بي بي کوډ : 2017NatSR...7.9993T. doi : 10.1038/s41598-017-10214-3. PMC 5577257​ PMID  28855596. 
  40. ^ Miyazaki K, Tomariguchi N (اګسټ 2019). "په ترموس ترموفیلس کې په تصادفي توګه د بیا ترکیب شوي فعال 16S rRNA جینونو شتون د باکتریا 16S rRNAs جینیاتي متقابل عمل او ګړندیتوب وړاندیز کوي". ساینسي راپورونه 9 (1): 11233. بي بي کوډ : 2019NatSR...911233M. doi : 10.1038/s41598-019-47807-z. PMC 6677816​ PMID  31375780. 
  41. ^ میازاکي، کینتارو؛ Tomariguchi, Natsuki (2019-08-02). "په ترموس ترموفیلس کې په تصادفي توګه د بیا ترکیب شوي فعال 16S rRNA جینونو شتون د باکتریا 16S rRNAs جینیاتي متقابل عمل او ګړندیتوب وړاندیز کوي". ساینسي راپورونه 9 (1): 11233. بي بي کوډ : 2019NatSR...911233M. doi : 10.1038/s41598-019-47807-z. ISSN  2045-2322. PMC 6677816​ PMID  31375780. 
  42. ^ یارزا پی، یلماز پی، پرویس ای، ګلوکنر FO، لودویګ ډبلیو، شلیفر KH، او نور. (سپتمبر 2014). "د 16S rRNA جین ترتیبونو په کارولو سره د کلتوري او غیر کلتوري بکتیریا او لرغونو طبقه بندي کولو سره یوځای کول". د طبیعت بیاکتنې. مایکروبیولوژي​ 12 (9): 635- 645. doi :10.1038/nrmicro3330. PMID  25118885. S2CID  21895693.
  43. ^ ایلمار پرویس، کریسټین کوسټ، کترین نایټیل، برنارډ ایم فوچز، ولفګنګ لودویګ، جورګ پیپلیز، فرانک اولیور ګلوکنر (2007) نیوکلیک اسید ریس. سلوا: د کیفیت چک شوي او تنظیم شوي ریبوسومل RNA ترتیب ډیټا لپاره یوه پراخه آنلاین سرچینه د ARB سره مطابقت لري. دسمبر؛ 35(21): 7188-7196.
  44. ^ DeSantis TZ, Hugenholtz P, Larsen N, Rojas M, Brodie EL, Keller K, et al. (جولای ۲۰۰۶). "ګرینګینس، د چیمیرا چیک شوی 16S rRNA جین ډیټابیس او د ARB سره مطابقت لرونکی ورک بینچ". تطبیق شوي او چاپیریال مایکروبیولوژي 72 (7): 5069– 5072. بي بي کوډ : 2006ApEnM..72.5069D. doi :10.1128/aem.03006-05. PMC 1489311​ PMID  16820507. 
  45. ^ McDonald D, Price MN, Goodrich J, Nawrocki EP, DeSantis TZ, Probst A, et al. (مارچ ۲۰۱۲). "د باکتریا او لرغونو اثارو د ایکولوژیکي او ارتقايي تحلیلونو لپاره د واضح رتبو سره د ګرین جینز ټیکونومي ښه شوی". د ISME ژورنال . 6 (3): 610– 618. بي بي کوډ : 2012ISMEJ...6..610M. doi :10.1038/ismej.2011.139. PMC 3280142​ PMID  22134646. 
  46. ^ مکډونالډ ډي، جیانګ یو، بالابان ایم، کانټریل K، ژو کیو، ګونزالیز A، او نور. (جولای ۲۰۲۳). "Greengenes2 د مایکروبیل ډاټا په یوه واحد حواله ونې کې متحد کوي". د طبیعت بایو ټیکنالوژي 42 (5): 715– 718. doi :10.1038/s41587-023-01845-1. PMC 10818020​ PMID  37500913 
  47. ^ یون، ایس ایچ، ها، ایس ایم، کوون، ایس، لیم، جې، کیم، یو، سیو، ایچ او چون، جې (2017). د EzBioCloud معرفي کول: د 16S rRNA او ټول جینوم اسمبلیو د مالیاتو له پلوه متحد ډیټابیس. Int J Syst Evol Microbiol. 67:1613-1617
  48. ^ "MIMt - (د میټاګینومکس ټیسټونو ډله ایز پیژندنه)". mimt.bu.biopolis.pt . د 11 فبروري 2024 اخیستل شوی .
  49. ^ لارسن این، اولسن جی جے، میډک بی ایل، مک کاګی ایم جے، اووربیک آر، میکی TJ، مارش TL، وویس سی آر (جولای 1993). "د ریبوسومال ډیټابیس پروژه". نیوکلیک اسیدونه . 21 (13): 3021– 3. doi :10.1093/nar/21.13.3021. PMC 309730​ PMID  8332524. 
  50. ^ Allard G, Ryan FJ, Jeffery IB, Claesson MJ (اکتوبر 2015). "سپینګو: د مایکروبیل امپلیکون سلسلې لپاره د ګړندي ډولونو درجه بندي". BMC بایو انفارماتیک 16 (1): 324. doi : 10.1186/s12859-015-0747-1 . PMC 4599320​ PMID  26450747. 
  51. ^ د RDP کلاسیفیر په https://sourceforge.net/projects/rdp-classifier/ کې د یو واحد وسیلې په توګه شتون لري. دا په جاوا کې لیکل شوی او په هر هغه کمپیوټر کې به چلیږي چې جاوا نصب شوی وي. RDPTools په GitHub او د ډاکر عکس په توګه شتون لري. په https://john-quensen.com/tutorials/tutorial-1/ او https://jfq3.gitbook.io/rdptools-docker/rdptools-docker/readme کې د نصبولو لارښوونې وګورئ. د SeqMatch ډیټابیس ډاونلوډ کولو او د کمانډ لاین څخه د چلولو لارښوونې په https://john-quensen.com/tutorials/seqmatch/ کې شتون لري.

بهرنۍ اړیکې