La 5.ª Flotilla de Submarinos (en alemán : 5. Unterseebootsflottille ), también conocida como Flotilla Emsmann , fue una flotilla de submarinos de la Kriegsmarine de la Alemania nazi durante la Segunda Guerra Mundial.
La flotilla se formó en diciembre de 1938 en Kiel bajo el mando del capitán de corbeta Hans-Rudolf Rösing . Recibió su nombre en honor al teniente de navío Hans Joachim Emsmann, comandante de submarinos durante la Primera Guerra Mundial , que murió el 28 de octubre de 1918 después de que su submarino UB-116 se hundiera debido a una mina . La flotilla se disolvió en enero de 1940 y todos los submarinos fueron transferidos a la 1.ª Flotilla .
En junio de 1941, la flotilla se reorganizó como "5.ª Flotilla de submarinos" bajo el mando del teniente de navío Karl-Heinz Moehle como flotilla de entrenamiento con base en Kiel. En 1946, Moehle fue condenado a cinco años de prisión tras ser declarado culpable de entregar la Orden Laconia a los nuevos comandantes de submarinos antes de que salieran a patrullar. Fue liberado en noviembre de 1949.