La Copa Intertoto de la UEFA de 2006 fue la primera edición tras un cambio importante en el formato de la competición. Sólo hubo tres rondas en lugar de cinco, y once coganadores del torneo se clasificaron para la segunda ronda de clasificación de la Copa de la UEFA (en lugar de tres equipos que se clasificaron para la primera ronda propiamente dicha). Además, por primera vez en la historia moderna de la competición, se destacó un ganador absoluto entre los 11 coganadores de la Copa, y ese honor recayó en el ganador de la ronda final de Intertoto que avanzó más lejos en la Copa de la UEFA. Este honor fue para el Newcastle United .
Farul Constanţa ganó 4-2 en el global.
Maribor ganó 8-0 en el global.
Ethnikos Achna ganó 5-4 en total.
Zrinjski ganó 4-1 en el global.
El Dinamo Tbilisi ganó 8-1 en el global.
MTZ-RIPO Minsk ganó 6-4 en total.
Nitra ganó 12-2 en total.
Tiraspol ganó 2-1 en el global.
Keflavík ganó 4-1 en el global.
Dinaburg ganó 2-1 en el global.
El Tampere United ganó 8-1 en el global.
Kalmar FF ganó 8-1 en el global.
Shelbourne ganó 5-0 en total.
* El FK Zeta se clasificó para las competiciones de la UEFA de esta temporada como miembro de la Asociación de Fútbol de Serbia y Montenegro durante la temporada 2005/06, pero en el momento de ese partido ya era miembro de la Asociación de Fútbol de Montenegro . [3]
1 El partido se jugó en el campo del FK Partizan en Belgrado , Serbia , porque el campo del FK Zeta en Golubovci no cumple con los estándares de la UEFA 2 El partido se jugó en Herzliya porque el campo del Maccabi Petah Tikva en Petah Tikva está en remodelación
Kayserispor ganó 4-3 en el global.
Farul Constanţa ganó 3-2 en el global.
Maribor ganó 4-1 en el global.
El Maccabi Petah Tikva ganó 4-2 en el global.
2-2 en el global, Ethnikos Achna ganó por la regla de los goles a domicilio.
Los saltamontes ganaron 4-0 en el global.
Dnipro Dnipropetrovsk ganó 3-2 en el global.
El SV Ried ganó 4-1 en el global.
Tiraspol ganó 4-1 en el global.
El FC Moscú ganó 3-0 en el global.
Kalmar FF ganó 5-3 en el global.
OB ganó 3-1 en total.
Lillestrøm ganó 6-3 en el global.
Hibernian ganó 8-0 en el global.
Los once equipos ganadores se clasificaron para la segunda ronda de clasificación de la Copa de la UEFA 2006-07 .
^jugado el 16 de julio
* Después de consultas con la UEFA , el clasificado italiano Palermo fue retirado por la Federación Italiana de Fútbol (FIGC) el 6 de junio de 2006. Debido al actual escándalo de arreglo de partidos en Italia , la FIGC no pudo confirmar oficialmente a tiempo la clasificación de la Serie A 2005-06. para que Palermo compitiera en la Copa Intertoto y por lo tanto el club francés Auxerre reemplazó al Palermo, según las normas de la UEFA que rigen la Copa Intertoto.
AJ Auxerre ganó 4-2 en el global.
Kayserispor ganó 2-0 en el global.
Maribor ganó 3-2 en el global.
Ethnikos Achna ganó 4-3 en el global.
Los saltamontes ganaron 3-2 en el global.
2-2 en el global, Marsella ganó por la regla de los goles a domicilio.
Hertha BSC ganó 2-0 en el global.
El SV Ried ganó 4-2 en el global.
El Newcastle United ganó 4-1 en el global.
Twente ganó 3-2 en el global.
2-2 en total, OB ganó por regla de goles a domicilio.
Ocho de los once cocampeones que accedieron a la Copa de la UEFA a través de la Copa Intertoto ganaron sus eliminatorias y avanzaron a la primera ronda propiamente dicha. La mitad de estos ocho sobrevivieron a la primera ronda y entraron en la fase de grupos, solo el Newcastle United consiguió un lugar en los dieciseisavos de final de la Copa de la UEFA y fue el último equipo que quedó de la Copa Intertoto, lo que lo convirtió en el ganador absoluto. Luego se clasificaron para los octavos de final. El capitán Scott Parker recibió un certificado que conmemora el triunfo en St James Park antes del partido contra el AZ .
Newcastle United (ganador general) (octavos de final, perdió ante el AZ )
Auxerre (fase de grupos, cuarto del Grupo A).svg/1280px-Flag_of_Switzerland_(Pantone).svg.png){kind=small}
Grasshopper Zürich (fase de grupos, quinto del Grupo C)
Odense (fase de grupos, cuarto del Grupo D) Marsella (Primera ronda, perdió ante Mladá Boleslav )
Hertha Berlín (Primera ronda, perdió ante Odense )
Kayserispor (Primera ronda, perdió ante el AZ ).svg/1280px-Flag_of_Cyprus_(1960%E2%80%932006).svg.png){kind=small}
Ethnikos Achna (Primera ronda, perdió ante Lens )
Twente (Segunda ronda de clasificación, perdió ante el Levadia Tallin )
Ried (Segunda ronda de clasificación, perdió ante el Sion )
Maribor (Segunda ronda de clasificación, perdida ante el Partizán )