Como miembro del Real Cuerpo de Cadetes de Baviera, Bouhler participó en la Primera Guerra Mundial, donde fue gravemente herido.
Entre 1919 y 1920, estudió filosofía[1] y al año siguiente comenzó a colaborar en el periódico Völkischer Beobachter, periódico oficial del Partido Nacionalsocialista Alemán de los Trabajadores.
Con la llegada del régimen nazi, Bouhler fue nombrado responsable de la recién creada Cancillería del Führer.
Gracias a su oportunismo político, fue incrementando su influencia sobre Hitler, hasta que a finales de los años 30 logró que el dictador le concediera plenos poderes —de forma extraoficial— para llevar a cabo el plan de eutanasia nazi.
Más tarde, desde la misma Cancillería se encargaría de reclutar personal para llevar a cabo la Aktion Reinhard, el exterminio de judíos polacos en campos de la muerte como Belzec, Sobibor o Treblinka.