El Departamento de Marina ordenó el día 27 que la escuadra zarpara hacia Manila (Filipinas) para neutralizar una fuerza naval española que potencialmente podría reforzar la flota cubana.
A la mañana siguiente cursó la orden de atacar con la primera luz del día pronunciando su ahora célebre frase "pueden disparar cuando estén listos"; seis horas después de iniciado el ataque ya había hundido o capturado la totalidad de la Flota española del Pacífico, al mando del almirante Patricio Montojo y Pasarón.
Dewey y Aguinaldo disfrutaron de una cordial relación desde el comienzo y Dewey de hecho escribió en sus cartas que los filipinos eran inteligentes y capaces de su autodeterminación; sin embargo, el presidente William McKinley muy pronto decidió otra cosa y hacia 1899 Dewey se vio obligado a traicionar a las fuerzas de Aguinaldo para permitir a las tropas estadounidenses desembarcar en Manila.
Dewey regresó a los Estados Unidos para ser recibido como héroe, y por decreto del Congreso fue nombrado Almirante de la Armada en 1899, y una condecoración especial, la Medalla Dewey, fue también creada en su honor.
A esto se añadió la furia de los sectores protestantes por su matrimonio con una viuda católica en 1899 y haberle dejado la casa que la nación le había otorgado por su participación en la guerra.