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yodoacetamida

La 2-yodoacetamida ( IAA ) es un agente alquilante utilizado con fines de mapeo de péptidos . Sus acciones son similares a las del yodoacetato . Se utiliza comúnmente para unirse covalentemente con el grupo tiol de la cisteína para que la proteína no pueda formar enlaces disulfuro . [2] [3] También se utiliza en estudios de ubiquitina como inhibidor de las enzimas deubiquitinasas (DUB) porque alquila los residuos de cisteína en el sitio activo de DUB.

Inhibidor de peptidasa

La yodoacetamida es un inhibidor irreversible de todas las cisteína peptidasas, y el mecanismo de inhibición se produce por la alquilación del residuo catalítico de cisteína (ver esquema). En comparación con su derivado ácido, el yodoacetato, la yodoacetamida reacciona mucho más rápido. Esta observación parece contradictoria con la reactividad química estándar; sin embargo, la presencia de una interacción favorable entre el ion imidazolio positivo de la histidina catalítica y el grupo carboxilo cargado negativamente del yodoacetato es la razón del aumento de la actividad relativa de la yodoacetamida. [4]

Mecanismo de inhibición irreversible de cisteína peptidasas con yodoacetamida.

Espectrometría de masas de proteínas

Se utiliza comúnmente durante la preparación de muestras para la secuenciación de novo (péptidos) con espectrometría de masas de proteínas , pero críticos recientes sugieren evitar su uso [5]

Referencias

  1. ^ Krüger, Ralf; Hung, Chien-Wen; Edelson-Averbukh, Marina; Lehmann, Wolf D. (2005). "La metionina alquilada con yodoacetamida puede imitar la pérdida neutra de ácido fosfórico de los fosfopéptidos, como lo ejemplifica el escaneo de iones originales de tiempo de vuelo de cuadrupolo de ionización por nanoelectropulverización". Comunicaciones rápidas en espectrometría de masas . 19 (12). Wiley: 1709-1716. Código Bib : 2005RCMS...19.1709K. doi :10.1002/rcm.1976. ISSN  0951-4198. PMID  15912474.
  2. ^ CV de Smythe (1936). "Las reacciones del yodoacetato y de la yodoacetamida con varios grupos sulfhidrilo, con ureasa y con preparaciones de levadura". J. Biol. química . 114 (3): 601–12. doi : 10.1016/S0021-9258(18)74789-3 .
  3. ^ Anson ML (1940). "Las reacciones del yodo y la yodoacetamida con la albúmina de huevo nativa". J. Gen. Physiol . 23 (3): 321–31. doi :10.1085/jgp.23.3.321. PMC 2237930 . PMID  19873158. 
  4. ^ Polgar, L (1979). "Efectos de los isótopos de deuterio sobre la acilación de papaína. Evidencia de falta de catálisis básica general y de interacción del grupo saliente de la enzima". EUR. J. Bioquímica . 98 (2): 369–374. doi : 10.1111/j.1432-1033.1979.tb13196.x . PMID  488108.
  5. ^ Muller (2017). "La evaluación sistemática de la reducción y alquilación de proteínas revela enormes efectos secundarios inespecíficos de los reactivos que contienen yodo". Proteómica molecular y celular . 16 (7): 1173–1187. doi : 10.1074/mcp.M116.064048 . PMC 5500753 . PMID  28539326. 

enlaces externos