En 1989 fue ascendido a entrenador en jefe del equipo A2, que después de la tercera temporada (1990-91) ganó el campeonato, con 23 victorias en 25 partidos.

En 1998 se marchó a Turquía para entrenar al Darüşşafaka S.K., también participó en la Copa Saporta y logró excelentes resultados en el campeonato.

En 2000 fue contratado por Lugano, con el que ganó tres campeonatos consecutivos y dos copas de Suiza.

En 2002 regresó a Italia: en el Air Avellino con el que consiguió tres salvaciones consecutivas que le valieron la llamada del recién ascendido Virtus Bologna.

En 2008, Zare Markovski regresó a Air Avellino en el doble rol de entrenador y gerente general, jugando en la Euroliga.