Es el fundador del estudio de animación Ordet, y trabajó con anterioridad en Kyoto Animation.

[2]​ Se hizo conocido en la compañía tras ayudar con la dirección en Munto 2: Beyond the Walls of Time.

Su debut como director llegó en 2007, con Lucky Star, pero tras cuatro episodios fue reemplazado por Yasuhiro Takemoto debido a "problemas de rendimiento.

"[3]​ En una entrevista por radio más tarde, confirmó que había sido despedido y trató de recuperar su puesto, sin éxito.

En 2009, dirigió un corto de 90 segundos para su inclusión en el cuarto volumen del manga Tonari no 801-chan.

[9]​ A principios de 2011, Yamamoto dirigió el anime Fractale, producida por A-1 Pictures y Ordet.

[2]​ Yamamoto aseguró que Fractale estaba más orientada a personas normales o poco interesadas por el anime.