El presidente Thomas Jefferson, confiado en la capacidad de la nueva armada estadounidense para proteger su flota, rechazó las reclamaciones del Pachá, llevando al Pachá hacia una guerra no oficialmente declarada en mayo de 1801 por talar el asta de bandera del consulado americano.
Jefferson respondió ordenando a la armada americana US Navy que interviniera en el Mediterráneo y bloqueara, lo que se cumplió con éxito, el puerto de Trípoli en 1803.
La economía de Trípoli empezó a desmoronarse, y Yusuf intentó compensar los ingresos perdidos favoreciendo el tráfico de esclavos a través del Sáhara.
Por ello el poder de Yusuf se debilitó y surgieron las facciones en torno a sus tres hijos.
Y, si bien Yusuf abdicó en 1832 en favor de su hijo Alí II, estalló pronto una quizá inevitable guerra civil.