En 1996 perdió la reelección como diputado por estrecho margen, pero en el 2000 fue elegido de nuevo diputado por el distrito electoral parlamentario número 4 de Chiba (creado por la reforma electoral de 1994 que dividió los distritos plurinominales en distritos uninominales); fue reelegido en 2003, 2005 y 2009 por lo que, con el actual, ha sido diputado por cinco mandatos (teniendo en cuenta que las elecciones han sido adelantadas varias veces en ese período).

Noda actuó como ministro principal financiaro cuando el PDJ obtuvo el control de la Dieta en septiembre de 2009.

Al no alcanzar ninguno de los candidatos sobre 200 votos necesarios para ganar la elección interna en primera vuelta, se realizó una segunda ronda (balotaje) entre las 2 primeras mayorías alcanzadas en la primera ronda de votaciones; que fueron la de Noda que obtuvo 102 votos y la del candidato Banri Kaieda (para ese momento Ministro de Economía, Comercio e Industria) que obtuvo 143 votos en esa primera ronda.

[2]​[3]​ En la segunda ronda Noda obtuvo 215 votos frente a los 177 de Kaieda, logrando así la mayoría necesaria para convertirse en el nuevo líder del partido y virtual primer ministro de Japón.

[6]​[7]​[8]​[9]​ El 2 de septiembre Noda tomó posesión formalmente del cargo de primer ministro, prestando juramento ante el Emperador Akihito en una solemne ceremonia en el Palacio Imperial junto con los 17 ministros que él nombró para formar el nuevo gobierno; en su primera rueda de prensa como jefe de gobierno Noda recalcó que la prioridad de su gobierno será la economía.