[5] De la mano del entrenador Walter Bolches debuta en el año 2013 como titular contra Boston River, partido que se disputó en el estadio Casto Martínez Laguarda.
[8][4] En la temporada 2020, Cerrito obtiene el Campeonato Uruguayo de Segunda División 2020 tras culminar primero con 41 puntos.
En esa temporada del fútbol uruguayo, Yonathan Rodríguez fue titular en 27 partidos, anotó dos goles y jugó un total de 2.339 minutos.
[4] Es anunciado oficialmente por el conjunto tricolor el 21 de enero del 2022 como nuevo refuerzo, préstamo por un año con opción a compra.
[12][2] Ha destacado como mediocampista aguerrido, con sólido juego aéreo.“Yona” es un jugador que se caracteriza por su marca áspera, recuperación rápida de pelota, recorrido y buen posicionamiento.