Yoan Gouffran empezó su carrera futbolística en las categorías inferiores del SM Caen.

Debuta en la Ligue 1 el 6 de noviembre en el partido SM Caen 0-2 FC Sochaux.

[3]​ El objetivo esa temporada era la permanencia, aunque lamentablemente no se consiguió.

En la temporada 2006-07 el equipo vuelve a ascender a la Ligue 1 y Yoan Gouffran fue un jugador clave esa temporada, siendo elegido el mejor jugador de la Ligue 2 esa campaña.

En ese partido Yoan Gouffran entró en el once inicial jugando 74 minutos.