Su guionista y productor, Simon Kinberg, aseguró que sería la última entrega de la trilogía empezada con X-Men: primera generación.

Su hermano mayor, Alex, sabe lo que le ocurre a Scott y lo lleva al instituto educativo del profesor Charles Xavier en el condado de Westchester, Nueva York, con la esperanza de que Xavier y Hank McCoy le enseñen a controlar sus habilidades.

De vuelta al instituto, Xavier descubre que Jean tuvo una visión del fin del mundo, y decide ir con Hank a Cerebro para averiguar de dónde provino el temblor, entonces encuentra a Moira.

En la Polonia comunista, Erik decide escapar con su esposa e hija para evitar que las autoridades polacas vengan por ellos, pero su hija Nina se había aventurado en el bosque y unos policías polacos, armados con arcos y flechas de madera, la encuentran antes que sus padres.

Cuando Raven lleva a Kurt con el mercader negro Caliban solicitándole que le proporcione documentación y pasaporte para viajar a Estados Unidos, este le informa sobre la trágica muerte de la familia de Magneto.

Tras tocar un televisor y aprender sobre la historia del mundo durante los últimos 5000 años desde su encierro, En Sabah Nur cree que la humanidad ha perdido el camino sin su presencia.

Scott invita a Jean, Kurt y Jubilation Lee al centro comercial para divertirse.

Psylocke lleva a En Sabah Nur y Tormenta con Ángel, quien quedó incapacitado luego de que Nightcrawler le electrocutó las alas empujándolo contra una jaula electrificada pero En Sabah Nur mejora sus poderes, transformando las alas de Warren en metal.

Xavier y Alex llevan a Moira al instituto y se encuentran con Raven, quien está confundida porque Moira no la reconoce debido a que Charles borró su memoria desde el conflicto en Cuba hace 20 años.

Intentando detenerlos, Alex les dispara un rayo de su pecho pero accidentalmente le da al generador principal causando una explosión que lo mata y destruye toda la mansión.

En Sabah Nur desintegra gran parte de El Cairo para construirse una pirámide como templo y vivienda, en donde planea transferir su conciencia al cuerpo de Xavier y usar su poder para esclavizar a cada persona en la Tierra.

Ángel y Psylocke persiguen a los X-Men que escapan en el jet con Xavier pero Jean hace que el jet se precipite mientras Nightcrawler trata de teletransportar a todo el equipo junto fuera de la nave, Ángel intenta detenerlos pero los X-Men escapan y Ángel muere al quedar dentro del jet cuando este se estrella.

En Sabah Nur aparece para enfrentarse a los otros, pero Magneto lo traiciona y trata de derrotarlo.

Con la ayuda de Scott, lo mantienen ocupado físicamente mientras que Xavier lo combate telepáticamente en el plano astral.

Tras su despertar después de miles de años, está desilusionado con el mundo que encuentra y recluta a un equipo de poderosos mutantes, incluyendo a un descorazonado Magneto (Michael Fassbender), para eliminar a la raza humana y crear un nuevo orden mundial, sobre el que él reinará.

[9]​ El 11 de abril de 2014, Entertainment Weekly reportó que James McAvoy, Michael Fassbender, Nicholas Hoult, Jennifer Lawrence y Evan Peters volverán a repetir sus papeles para esta secuela,[10]​ también el actor Guatemalteco Oscar Isaac en la piel del villano Apocalypse, y en la que, además, también aparecerán las versiones jóvenes de Cyclops, Jean Grey y Storm.

[14]​ X-Men Apocalipsis comenzó su rodaje en abril de 2015 en Canadá para luego pasar a Montreal.

[18]​ Allí se presentó todo el reparto a excepción de Rose Byrne, Josh Helman y Tomas Lemarquis.

[19]​ Días después la revista Entertainment Weekly liberó varias imágenes de la película incluyendo los vistazos oficiales a personajes como Cyclops, Jean Grey, Storm, Jubilee, Nightcrawler, Psylocke, Quicksilver, Magneto, Mystique, el Profesor Xavier, Havok, Moira MacTaggert y del villano Apocalipsis.

Cuando él conoció a Xavier en X-Men: primera generación, tenía 34 años, sin embargo 20 años después sigue luciendo igual de joven a pesar de que el no posee un factor curativo que retrase su envejecimiento.

Esto se contradice con la personalidad que tenía desde su primera aparición en la trilogía clásica[25]​ pues ella siempre había odiado a los humanos y no quería parecerse a ellos,[21]​ en X-Men 2 Kurt Wagner le dice que escuchó sobre los poderes de ella para imitar a cualquier individuo incluyendo su voz, Mystique se lo confirma imitando la voz de Kurt con exactitud y Kurt le pregunta por qué no usa sus poderes para lucir como un humano normal, a lo que Mystique le responde que no desea verse como los humanos.

Incluso en X-Men: primera generación le dieron un origen a su personalidad rebelde y orgullosa, ella siempre quiso mostrarse públicamente con su forma natural azul pero Xavier siempre la contenía y le decía que no lo hiciera.

Scott, Jean y Kurt deciden seguir a Stryker hasta su base militar en el Lago Alkali, una vez dentro, intentan encontrar la manera de rescatar a sus amigos pero son descubiertos por uno de los guardias.

Los adolescentes escapan y se esconden en el laboratorio de Stryker donde hay un contenedor con un mutante adentro, cuando los soldados de Stryker entran, Jean decide soltar al mutante que resulta ser Wolverine.

[23]​ El guionista Simon Kinberg ha justificado este error en una entrevista con Cinemablend explicando que el futuro se puede cambiar pero al final las cosas acaban “volviendo al mismo sitio desde donde empezó”.