Consiguió el doctorado (1878) trabajando frecuentemente en autopsias, lo que provocó su interés por la patología.
Se especializó posteriormente en Europa (1880-83), donde la patología estaba más avanzada que en los EE.
En su primera investigación significativa, confirmó el descubrimiento de Laveran de los parásitos esporozoarios que causan la malaria, Plasmodium malariae (1893-94), y a su regreso, fue el primer estadounidense en describir este microorganismo.
Councilman también investigó sobre la difteria, la meningitis cerebroespinal, la nefritis y la viruela.
[2] Councilman publicó diversos estudios clínicos y libros de texto.