En 1856, O'Brien fue indultado y regresó a Irlanda, pero nunca más estuvo activo en la política.
[3] Recibió una educación en inglés de clase alta en Harrow School y Trinity College, Cambridge .
[5] Aunque era un caballero protestante, apoyó la emancipación católica mientras seguía siendo partidario de la unión británico-irlandesa.
[5] Tres años más tarde, O'Brien retiró a los Jóvenes Irlandeses de la asociación.
Fue enviado a Port Arthur, donde se encontró con John Mitchel, que había sido deportado antes de la rebelión.
Las cabañas en las que O'Brien vivió en Isla Maria y Port Arthur se han conservado en su estado del siglo XIX como memoriales.
[9] En mayo de 1856, se le concedió un indulto incondicional y regresó a Irlanda en julio.
Contribuyó al periódico Nation, y publicó los Principios de gobierno en dos volúmenes , o Meditaciones en el exilio en 1856,[10] pero no tuvo más participación en la política.
Esculpido en piedra caliza de Portland, fue diseñado por Thomas Farrell y erigido en D'Olier Street, Dublín, en 1870.
[13] Mientras estudiaba en Londres, O'Brien conoció a Mary Ann Wilton y tuvo dos hijos nacidos de ella.