Entre 1853 y 1883 fue rector de Grace Church en Lexington, Virginia.

De ahí que sus tropas le dieran el sobrenombre de "Parson" (parson se usa en inglés para referirse a un clérigo protestante).

Pendleton ascendió rápidamente en el escalafón militar llegando a coronel y jefe de artillería en el Estado Mayor del general Joseph E. Johnston.

Su hija, Susan, se casó con el también oficial confederado Edwin Gray Lee.

Una vez finalizada la guerra, William Pendleton volvió a Lexington y a su parroquia de Grace Church, donde permaneció hasta su muerte.