Como titular en su segundo año, Thomas fue parte del equipo de los George Mason Patriots de la Final Four 2005-06.

Durante su carrera universitaria, Thomas fue nombrado por el segundo equipo de la Colonial Athletic Association All-CAA's en 2007 y el primer equipo en 2008.

Fue incluido en el equipo defensivo de la CAA durante tres temporadas consecutivas.

Es el octavo máximo anotador de George Mason University de todos los tiempos con 1.564, el tercer reboteador con 993 rebotes y tiene la mayor cantidad de partidos jugados en la historia del equipo con 131.

Disputó la Final Four 2006 de la NCAA con la Universidad George Mason.