Con 21 años participó en su primera expedición, que lo condujo a Rusia.
Al regresar del Tíbet comenzó a trabajar en la organización de una expedición alemana a la Antártida: la Segunda Expedición Antártica Alemana.
Filchner nunca volvió a la Antártida, pero realizó otros muchos viajes a través de Nepal y del Tíbet, realizando en 1939 un examen geográfico de Nepal.
Esta experiencia la vertió en un libro titulado En el infierno del Nepal.
Filchner murió a la edad de 79 años en Zúrich, Suiza.