Werner Koch (Düsseldorf, 11 de julio de 1961) es un programador alemán de software libre.

Es conocido por ser el autor principal de GNU Privacy Guard (GnuPG o GPG).

También fue jefe de oficina y vicecanciller alemán de la Free Software Foundation Europe.

Es el ganador del Award for the Advancement of Free Software en 2015 por fundar GnuPG.