Wakonda es un pueblo ubicado en el condado de Clay en el estado estadounidense de Dakota del Sur.

[3]​ Wakonda se encuentra ubicado en las coordenadas 43°0′29″N 97°6′22″O / 43.00806, -97.10611.

Según la Oficina del Censo de los Estados Unidos, Wakonda tiene una superficie total de 1 km², de la cual 1 km² corresponden a tierra firme y (0%) 0 km² es agua.

[4]​ Según el censo de 2010,[5]​ había 321 personas residiendo en Wakonda.

De los 321 habitantes, Wakonda estaba compuesto por el 98.44% blancos, el 0.31% eran afroamericanos, el 0% eran amerindios, el 0% eran asiáticos, el 0% eran isleños del Pacífico, el 1.25% eran de otras razas y el 0% pertenecían a dos o más razas.