"[2]​ Las versiones de PlayStation 3, Wii y Xbox 360 cuentan con nueve niveles explorables.

El modo historia parece estar alterado ya que los roles del personaje son diferentes a los de la película, como WALL•E puede usar comúnmente su láser, GO-4 no se destruye (e intenta robar la planta cuando el Axioma aterriza en la Tierra), EVA es electrocutada por AUTO (en lugar de que WALL•E sea electrocutado, como en la película) y WALL•E reparando a EVA (en la película, EVA intenta reparar a WALL•E).

La escena de EVA siendo electrocutada en el juego en realidad se tenía planeado que ocurriera, pero fue cambiada después.

Una nave espacial no tripulada llega a la Tierra, dejando una sonda robot llamada "Evaluador de Vegetación Alienígena" o EVA.

Son interrumpidos cuando el primer oficial de AUTO, un robot llamado GO-4, pone la planta robada en una cápsula donde WALL•E esta, y la programa para auto-destrucción.

Habiendo regresado al Axioma, WALL•E le enseña a EVA la planta que logró salvar de la explosión.

WALL•E logra encontrar la planta, y el y EVA, junto con M-O, se dirigen a la cubierta Lido donde ellos, con ayuda de los robots defectuosos, luchan contra los robots de seguridad del Axioma.

Con el corazón roto, EVA le da a WALL•E un "beso" de despedida, el cual restablece su memoria y restaura su personalidad original.