En 1922, con 16 años, describió una nueva solución para un instrumento analítico de laboratorio en la prominente revista científica alemana Chemiker Zeitung.

Según dice el propio Prelog, la base de su educación científica se la debe a Lukes, del que fue amigo personal hasta su muerte en 1960.

Este puesto le ofrecía la posibilidad de realizar algunas investigaciones, aunque modestamente, pero Prelog echaba en falta el ambiente académico.

Allí estuvo dando clases como profesor, aunque la categoría y el sueldo que tenía era de ayudante.

Con la colaboración de dos estudiantes trabajó en una pequeña fábrica farmacéutica que le proporcionaba los recursos suficientes para sí y su laboratorio.

Aquí comienza su colaboración con Ruzicka que duraría mucho tiempo y durante la cual ascendería en el escalafón académico.

Según él mismo confiesa, no dominaba ninguna lengua correctamente e ironizaba que iban a verle por escuchar su extraño acento.

Como persona introspectiva, irónico y sospechoso de altas aspiraciones sociales, políticas o religiosas, Prelog raramente permitió la injerencia en su vida privada.