Cuando en el año 850 vino a Castilla su primer conde, don Rodrigo, enviado por el rey de Oviedo, entendió que su labor era proteger a esta tierra con dos firmes e imbatibles soportes: Pancorbo y la Peña Amaya.

El conde murió sin cumplir su propósito y fue su hijo Diego el que hacia el año 884 tenía ya blindado el condado con Castrojeriz, Burgos, Pancorbo, Cellorigo, Cerezo, Ibrillos y Belorado.

Toda la Bureba era una pura iniciativa repobladora y el mismo conde restauró en Oca la diócesis visigótica.

Aparece documentada por primera vez en el año 957, en esta fecha el abad Adolfo se incorpora con sus bienes al Monasterio de San Mamés, en los montes Obarenes, en el término de Pancorbo.

En un documento del año 1058 aparece la villa con el apellido Del Conde, ya era necesario poner apellidos por la evidente confusión, y desde este momento y hasta el siglo XX, este será el nombre completo de Villanueva, pero quién fue el conde que apellidó a Villanueva?

En el siglo XIII Villanueva del Conde sintió la presencia del poderoso y real monasterio de Oña, pero nunca se hizo con el señorío, ya que la villa se mantuvo siempre en el régimen de realengo.

Se adoptó este nombre por el conde de Teba, que tenía mucha presencia en la comarca.