Fue internacional con la selección de Dinamarca, tanto en categorías inferiores como con la absoluta.

Entonces decidió en 2004 pasar a AGF y más tarde FC Midtjylland en su país natal, Dinamarca, Viktor Fischer se unió a la juventud del AFC Ajax , donde jugó para la selección A1 en su primer año con el equipo de Ámsterdam, después de haber firmado un contrato de 3 años, que le vincula al club hasta el 30 de junio de 2014.

Se había despertado el interés de otros clubes, así como el Chelsea , el Inter de Milán , Manchester City y Manchester United , debido a su actuación en Dinamarca en la Copa Mundial Sub-17.

El 20 de enero de 2013, Viktor Fischer jugó en su primer partido contra el eterno rival, Feyenoord de Róterdam , se ganó el Jugador del Partido premio tras marcar los dos primeros goles en la primera mitad del partido.

El conjunto alemán adquirió al jugador danés por la cantidad de 3 millones de euros, el futbolista firmó procedente del Middlesbrough Football Club, equipo en el que apenas tuvo oportunidades.