Estas proteínas se obtienen a partir de un proceso de ingeniería genética donde los genes que codifican para estas proteínas se seleccionan para poder clonar y expresar en huéspedes alternativos tales como bacterias (Escherichia coli), levaduras (Saccharomyces Cerevisiae) o Baculovirus.Las exotoxinas bacterianas cuando se someten a calor pierden su capacidad toxicogènica pero no su antigenicidad.Es posible que necesite varias dosis con el tiempo (vacunas de refuerzo) para tener inmunidad continua contra las enfermedades.También como sólo se incluyen unos pocos componentes en la vacuna, presentan menos competencia antigénica.Las proteínas aisladas no estimulan el sistema inmunitario tanto como un microorganismo entero (sólo inducen la respuesta humoral).Las proteínas obtenidas no son suficientemente activas para que presenten la estructura tridimensional alterada.Para evitarlo se usan hibridomas, que son un híbrido entre la célula tumoral y una de otro tipo determinado.Asimismo, su crecimiento es rápido y constante gracias a las características tumorales adquiridas por estos hibridomas.Por este motivo necesitan adyuvantes fuertes y estos, a su vez, inducen reacciones tisulares.Requiere investigación para identificar qué moléculas son más fáciles de reconocer por el sistema inmunitario.
