Estas proteínas se obtienen a partir de un proceso de ingeniería genética donde los genes que codifican para estas proteínas se seleccionan para poder clonar y expresar en huéspedes alternativos tales como bacterias (Escherichia coli), levaduras (Saccharomyces Cerevisiae) o Baculovirus.
Las exotoxinas bacterianas cuando se someten a calor pierden su capacidad toxicogènica pero no su antigenicidad.
Es posible que necesite varias dosis con el tiempo (vacunas de refuerzo) para tener inmunidad continua contra las enfermedades.
Esta particularidad es aún más importante en las vacunas recombinantes, las cuales, al ser vacunas vivas, presentan una mejor respuesta inmune que las de proteínas inactivadas, debido a que expresan el antígeno de forma creciente y más prolongada, con patrones similares a los de las vacunas atenuadas convencionales, y también pueden diferenciarse.
Las proteínas aisladas no estimulan el sistema inmunitario tanto como un microorganismo entero (sólo inducen la respuesta humoral).
Las proteínas obtenidas no son suficientemente activas para que presenten la estructura tridimensional alterada.
Para evitarlo se usan hibridomas, que son un híbrido entre la célula tumoral y una de otro tipo determinado.
Asimismo, su crecimiento es rápido y constante gracias a las características tumorales adquiridas por estos hibridomas.
Por este motivo necesitan adyuvantes fuertes y estos, a su vez, inducen reacciones tisulares.
Requiere investigación para identificar qué moléculas son más fáciles de reconocer por el sistema inmunitario.