[1]​ VMD fue principalmente desarrollado como una herramienta para ver y analizar los resultados de las simulaciones de dinámica molecular, pero también incluye herramientas para trabajar con datos de volumen, secuencias y objetos gráficos arbitrarios como conos, cilindros o esferas.

Las escenas mostradas pueden ser exportadas a herramientas de renderizado como POV-Ray, Renderman, Tachyon, VMRL y muchas otras.

Los usuarios pueden ejecutar sus propios scripts de TCl y Python, dado que VMD también incluye intérpretes para estos lenguajes.

La versión original, llamada VRChem fue desarrollada en 1992 por Mike Krough, Bill Humphrey y Rick Kufrin.

La versión inicial de VMD fue escrita por William Humphrey, Andrew Dalke, Ken Hamer, Jon Leech y James Phillips en 1995.