Se formó como entrenador en el Espinho y el Santa Clara, llegando al Porto en 2010 para ser ayudante de André Villas-Boas.

[1]​ Dos años después, tras ser dos veces el técnico campeón de Portugal con el Porto, rechazó la propuesta de renovación presentada por Pinto da Costa por motivos personales.

[2]​ A continuación, inició una aventura en Arabia Saudí, en el Al-Ahli, al que entrenó durante un año.

La prensa local había ya dado como seguro el “divorcio”, después de que Pereira viajara a Escocia para reunirse con el Glasgow Rangers, algo que sentó mal en el club por producirse antes de finalizar el curso.

[8]​ Tras una muy mala temporada, fue cesado a finales del mismo año.