A pesar de ello solo consiguió la Copa Suiza en el año 2000 con el FC Zürich.
Fischer jugó cuatro partidos con la selección absoluta bajo las ódenes del entrenador Ulrich Stielike.
En 2010 se hizo cargo del primer equipo dejándolo en su primera temporada segundo.
Ya en 2012, tras un mal inicio de liga es sustituido en el cargo por Harald Gämperle.
FC Union Berlin,[2] con el que consiguió el ascenso a la Bundesliga tras quedar en el tercer puesto de la 2.