El juego había sido desarrollado en principio para el Nintendo 64DD (periférico que solo salió en Japón) y se insertaría en la Nintendo 64 junto con The Legend of Zelda: Ocarina of Time.
A este proyecto se le llamó Ura Zelda.
Además, habría un nuevo personaje jugable, el Héroe de la Luz (se cree que el mismo que en The Legend of Zelda: Ancient Stone Tablets), y tres sabios más en el Reino sagrado.
En los juegos posteriores, Ganon rompe el sello, y conquista Hyrule otra vez.
Sin embargo, con el tiempo, debido a las reiteradas demoras en la producción y el desarrollo de liberación Ura Zelda como un parche para la Nintendo 64DD fue desechado, aunque el juego estaba casi terminado.