Fue fundada en 1960 sustituyendo a las escuelas universitarias existenes.

En 1988 se dividió en 3 instituciones, las universidades de Túnez I, II y III, a raíz de la reestructuración de las instituciones de educación superior e investigación científica.

Desde 2000 estas tres universdidades mantienen cuatro ubicaciones.

La Universidad de Túnez cuenta con sesenta especialidades distribuidas entre 15 instituciones de educación superior e investigación.

El año académico 2004-2005 aumentó la apertura al exterior para permitir la cooperación entre las universidades con el fin de contribuir al logro de un espacio euromediterráneo de educación superior e investigación.