Toda la segunda mitad del siglo XIX se refleja en la educación la pugna de la Iglesia y el Estado, ya que si bien el Colegio Civil se creó como alternativa al Seminario Conciliar, donde se formaban Eclesiásticos y Abogados, esto se hizo cercenando al Seminario algunas de sus cátedras y buena parte de su biblioteca así como los Académicos que habían sido fruto de aquellos claustros del Seminario.

En 1872 al morir Benito Juárez, los alumnos y maestros solicitaron al Gobierno y este accedió a cambiar el nombre de Instituto del Estado, por el de Instituto Juárez.

[cita requerida][1]​ Con el rango de Universidad se crearon las Escuelas de Medicina, Contaduría y Administración, y la de Medicina Veterinaria, con lo que se abría a nuevos campos del saber y a profesiones científicas con las que aún no se tenía contacto.

Si bien la Universidad Juárez del Estado de Durango, ha tenido un desarrollo real desde su creación hasta la fecha, su crecimiento ha sido sin duda alguna lento, comparativamente con otras instituciones más jóvenes y debido al incremento de la oferta educativa en el estado.

En el siguiente listado se enumeran las facultades y escuelas por orden alfabético.