Su sede está en Macapá, con campus en Santana, Laranjal do Jari, Oiapoque y Mazagão, además de un campus en construcción en Tartarugalzinho.
[1] La estructura precursora de la Universidad surgió con la creación en 1970[2] del "Nucleo de Educação em Macapá" (NEM), vinculado a la Universidad de Pará (actualmente UFPA).
[3] En la NEM se ofertaron alrededor de 500 vacantes docentes de corta duración,[4] con el fin de revertir el retraso del personal en este sentido en la región del Territorio Federal de Amapá, y formar una plantilla permanente y calificada.
Con la inminente elevación del Amapá a una unidad federativa plena, se empezó a discutir seriamente la necesidad de construir una universidad autónoma en la región.
La NEM permaneció en funcionamiento hasta 1992, cuando sus estructuras se reutilizaron para formar la UNIFAP.