La universidad fue nombrada en honor al periodista y político boliviano Juan Misael Saracho.

Según el ranking Webometrics Ranking of World Universities de 2021, es considerada la décima mejor universidad de Bolivia.

En noviembre de 1946, se aprobó su primer Estatuto Orgánico y la personalidad jurídica le fue otorgada por el Ministerio de Educación, Bellas Artes y Asuntos Indígenas.

Desde varias décadas atrás, el crecimiento de la Universidad trascendió los límites de la ciudad capital, abriéndose institutos y carreras profesionales en Yacuiba, Villamontes y Bermejo, atendiendo las necesidades de la educación superior a nivel departamental.

La universidad se organiza en torno a 11 facultades académicas.