Imparte educación superior y realiza investigación científica aplicándola a procesos de reanimación sustentada en el desarrollo social.
Cuenta con proyectos de reanimación étnica y desarrollo comunitario.
La Universidad Autónoma Indígena de México surge desde la visión humanista del Dr. Jesús Ángel Ochoa Zazueta, quien buscaba una universidad inclusiva para los jóvenes que no tuvieran recursos o la capacidad económica de poder estudiar y desarrollar sus aptitudes.
Ochoa Zazueta describe que la universidad “debía mantener abiertas sus puertas a todo aquel que en condición desfavorecida quería estudiar” y comienza este proyecto en el centro de la comunidad de Mochicahui en el municipio de El Fuerte con medios precarios pero garantizando que todos los estudiantes tuvieran un lugar donde estudiar, un techo donde dormir y un lugar donde comer.
Desde su origen cuenta con jóvenes provenientes indígenas de diversas etnias del país (ch'ol, mam, zoque, kakchikel, tzeltal, tzotzil, mazahua, zapoteco, mizteco, purépecha, nahua, cora, pima, rarámuri, yoreme de Sinaloa, yoreme de Sonora, yoreme jia'ki, entre otros), etnias de Nicaragua y de Ecuador.