[4]​[5]​ Ese fue el único título que ganó con el nombre Ferroviário, y el 30 de mayo de 1992 el club es refundado como Tubarao Futebol Clube con el fin de crear a un equipo con una mayor cercanía con la ciudad y que fuera más competitivo en los torneos estatales.

A finales de 1995 hicieron un convenio con sus rivales del Hercílio Luz Futebol Clube para compartir las instalaciones municipales.

En 1997 llega a la final del Campeonato Catarinense y la pierde contra el Avaí FC,[6]​ lo que le dio la clasificación al Campeonato Brasileño de Serie C, su primera participación en una competición a escala nacional, donde fue eliminado en la primera ronda al terminar en último lugar de su zona finalizando en el lugar 56 entre 64 equipos.

En 1998 gana la Copa Santa Catarina, su primer título luego de la refundación, lo que le da la clasificación al Campeonato Brasileño de Serie C nuevamente, pero vuelve a ser eliminado en la primera ronda al terminar en quinto lugar de su zona solo superando al Chapecoense, terminando en el lugar 54 entre 66 equipos.

En 2002 vuelve a participar en el Campeonato Brasileño de Serie C, donde vuelven a ser eliminados en la primera ronda como último lugar de su zona en donde solo hicieron dos puntos.