Discurre en dirección sur y su largo curso es interrumpido frecuentemente por violentas corrientes, barreras rocosas, y rápidos.
En el curso alto recibe los ríos Anamu y Turuna.
En el curso medio bordea la Reserva Biológica del río Trombetas y tras pasar las localidades de Tiago y Porteiras, recibe por la margen derecha, el río Imabú y el río Mapuera (340 km).
Ya en el curso bajo, casi en la desembocadura, recibe por la izquierda el río Paru de Oeste o Cuminá (710 km).
La zona inferior del río, hasta la primera cascada, la Porteira, tiene aguas poco profundas y pantanosas, pero por encima de la larga serie de rápidos y cataratas, el aspecto del valle cambia completamente, y el clima es mucho mejor.