En 1846 fue ordenado sacerdote y, tras enfermar de tuberculosis, se vio forzado a vivir en el extranjero para velar por su salud.

Fue secretario del gobernador de Bermudas entre 1847 y 1849; exploró posteriormente el desierto del Sahara, y en 1858 visitó Palestina, regresando también en 1863 y 1872, para realizar observaciones de historia natural y ubicar localidades de las Escrituras, visitando asimismo la fortaleza de Masada.

En 1881 viajó de nuevo a Oriente Próximo, visitando Palestina, el Líbano, Mesopotamia y Armenia.

Tristram fue fundador y miembro original de la British Ornithologists' Union, y nombrado miembro de la Royal Society en 1868.

La abreviatura Tristram se emplea para indicar a Henry Baker Tristram como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.