[4]​ Transformers Prime comienza con una miniserie de cinco partes titulada "Darkness Rising", donde se presenta a los personajes principales, narrando la historia y su conflicto bélico.

Han pasado tres años desde la última vez que los Decepticons atacaron la Tierra, y los Autobots esperan su regreso.

Sin embargo, Megatron se encuentra moribundo entre los escombros del puente espacial y vuelve después de un largo tiempo.

Tras los acontecimientos anteriores, al perder toda la memoria Optimus Prime, Megatron lo engaña para unirse a los Decepticons.

Optimus Prime en sus últimos momentos de vida habla con Alpha Trion quien le dice que se una a la Allspark porque ha llegado su hora y Optimus Prime teme del destino de la Matrix del Liderazgo y Alpha Trion le dice que hay un candidato cerca (Smokescreen).

En la batalla final, Soundwave es encarcelado en la dimensión fantasma y Bumblebee muere a manos de Megatron, pero es revivido al caer en el Energon sintético, recupera su voz y mata a Megatron finalmente en el proceso.

Transformers Prime: Predacons Rising fue una película basada en la serie Transformers: Prime[5]​ que se estrenó el 4 de octubre en Estados Unidos y la versión en español el 11 de diciembre en Latinoamérica y que le da un final definitivo a la serie.

En la película "Predacons Rising", Optimus da la vida por Cybertron y se sacrifica para generar nuevas vidas al fundirse en Primus, ya que vació el Allspark en la matriz de liderazgo para alejarla de Unicron.

Optimus la asigna como guardiana del humano Jack Darby, y aunque al principio no está entusiasmada con dicha responsabilidad, entabla amistad con el muchacho y, más tarde, logra convencerlo de que regrese al Equipo Prime cuando él lo abandona.

Ratchet parece ser el segundo al mando del Equipo Prime, puesto que él es quien toma las riendas del equipo cuando Optimus no se encuentra, y porque es con quien Optimus se sincera primero, luego de la supuesta muerte de Megatron.

Optimus le ofreció un puesto en el equipo, pero lo rechazó porque aún deseaba seguir explorando la galaxia en busca de otros Autobots sobrevivientes.

Cuando su nave fue destruida por Starscream al final de la segunda temporada, no tuvo más remedio que unirse a los demás Autobots.

Smokescreen comúnmente usa una Reliquia de Iacon llamada "Phase Shifter", con la cual se familiarizó desde que le quitó la "Apex Armor" a Starscream.

Su cuerpo fue utilizado para comprobar las propiedades del Energón Oscuro en el segundo episodio, luego de lo cual Megatrón lo cortó por la mitad.

Intentó unirse a los Autobots al final de la serie pero es rechazado por Miko, la cual le golpea tumbándolo.

Entre otras características de este personaje, se ha mencionado que Starscream siempre ha sido científicamente curioso.

Tras la llegada de Shockwave, Starscream se siente molesto ya que le usurpaba el puesto.

Al final, después de que Megatron abandonase su causa, Starscream pretende asumir el liderazgo una vez más pero se enfrenta a Predaking, Sky Lynx y Darksteel quienes supuestamente lo asesinan por venganza a como los había tratado anteriormente.

Para la mayoría de la serie no habla nunca, prefiriendo en su lugar grabar y reproducir lo que han dicho otros.

Paso su tiempo construyendo un puente espacial que usaría para llegar a la tierra, pero su plan fue saboteado por Arcee y Cliffjumper.

Después de una pelea que tuvo con Arcee en el episodio 36 "Armada", Airachnid queda congelada en una cámara de incubación, fue llevada a la base Autobot y permaneció ahí resguardada hasta el episodio 52, "Darkest Hour", donde la base estalló en llamas.

En "Shadowzone", Skyquake es reanimado como Terrorcon con un pedazo del fragmento de Energón Oscuro que Starscream le robó a Megatron, pero queda atrapado en una dimensión paralela y sin un brazo.

Vehicons (Varias voces) - Drones Decepticon que sirven como soldados de a pie para los Decepticons.

Se los ha llamado erróneamente como "Erradicons" en los subtítulos ocultos de la serie y "Tropas Decepticon" en los créditos.

Toda una colonia de Insecticons fue descubierta por Airachnid en la tierra y los utilizó para acabar con Megatron, hasta que ella queda atrapada en una vaina éxtasis por Arcee y pierde el control sobre ellos, desde entonces quedan al servicio de Megatron.

Parece que se identifica más con Bulkhead, su protector, y con frecuencia le sigue en situaciones peligrosas.

hizo un intento de robar el artefacto nuclear llamado DNG sólo para ser detenido por los Autobots.

Él y sus soldados después secuestran a Distribución para aprender "lo que hacen Cybertronianos garrapata".

Muere al final del episodio, es mencionado en el episodio 10 como Super soldado Sierra (Voz original: Alexandra Krosney, Voz de México: Marisol Romero, Seiyū: Chisato Mori) - Sierra es el interés amoroso de Jack, y es la jefe-porrista en su escuela.

Fueron desenterrados y materializados por Shockwave para cazar a los Autobots que están dispersos por todo el planeta Tierra.