El Tour de Flandes 1939 es la 23.ª edición del Tour de Flandes.

La carrera se disputó el 2 de abril de 1939, con inicio en Gante y final en Wetteren después de un recorrido de 230 kilómetros.

El vencedor final fue el belga Karel Kaers, que se impuso en solitario en la llegada a Wetteren.

Los también belgas Romain Maes y Edward Vissers fueron segundo y tercero respectivamente.