[5] Newman, originalmente clasificado tras finalizar en el 12.° puesto del Torneo de la URBA 2002, decidió no participar del torneo, por lo que fue posteriormente reemplazado por el siguiente mejor equipo, Belgrano Athletic, clasificado en el 13.° puesto.
En la primera fase se enfrentaron todos los equipos del Torneo del Interior A 2002 que no clasificaron al Torneo Nacional de Clubes 2002 (los clasificados 3.° y 4.° en fase de grupos).
Esta fase se utilizó para determinar los emparejamientos de octavos de final, con los cuatro ganadores enfrentándose a los cuatro equipos eliminados en la primera fase del Torneo Nacional de Clubes 2002 y los cuatro perdedores enfrentándose a los cuatro equipos provenientes del Torneo de la URBA 2002.
[1] En octavos de final tres equipos de la URBA decidieron no participar del torneo: La Plata, San Luis (ambos clasificados tras ser eliminados en primera fase del torneo principal) y CASI (clasificado tras finalizar 9.° en el Torneo de la URBA 2002).
[7][9][10] Champagnat (clasificado 14.° en URBA) debía reemplazar a CASI, pero también desistió de participar posteriormente.